کد مقاله کد نشریه سال انتشار مقاله انگلیسی نسخه تمام متن
6929069 1449354 2018 17 صفحه PDF دانلود رایگان
عنوان انگلیسی مقاله ISI
An implicit boundary integral method for computing electric potential of macromolecules in solvent
ترجمه فارسی عنوان
یک روش انتگرال ضمنی برای محاسبه پتانسیل الکتریکی ماکرومولکول ها در حلال
کلمات کلیدی
پواسون معادله بولتزمن، روش انتگرال نامحدود، روش تعیین سطح، روش چندتایی سریع الکترواستاتیک، مدل حلال نامنظم،
ترجمه چکیده
یک روش عددی با استفاده از تظاهرات سطح ضمنی برای حل معادله پوآسون-بولتزمن خطی شده است که در مدل های ریاضی برای الکترواستاتیک مولکول ها در حلال پیشنهاد می شود. روش پیشنهادی از یک فرمول انتگرال مرزی ضمنی استفاده می کند تا یک سیستم خطی تعریف شده در گره های دکارتی را در یک باند باری که در اطراف سطح بسته است که مولکول و حلال را جدا می کند، استخراج می کند. سطح ناخواسته مورد نیاز از توضیح اتمی داده شده از مولکول ها، توسط یک دنباله از الگوریتم های مجموعه ای از سطح استاندارد ساخته شده است. یک روش چند گام سریع برای سرعت بخشیدن به راه حل سیستم خطی اعمال می شود. تعداد کمی از مطالعات عددی که برخی از موارد استاندارد را ارائه می دهند ارائه شده و با سایر نتایج موجود مقایسه می شوند.
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه مهندسی کامپیوتر نرم افزارهای علوم کامپیوتر
چکیده انگلیسی
A numerical method using implicit surface representations is proposed to solve the linearized Poisson-Boltzmann equation that arises in mathematical models for the electrostatics of molecules in solvent. The proposed method uses an implicit boundary integral formulation to derive a linear system defined on Cartesian nodes in a narrowband surrounding the closed surface that separates the molecule and the solvent. The needed implicit surface is constructed from the given atomic description of the molecules, by a sequence of standard level set algorithms. A fast multipole method is applied to accelerate the solution of the linear system. A few numerical studies involving some standard test cases are presented and compared to other existing results.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Computational Physics - Volume 359, 15 April 2018, Pages 199-215
نویسندگان
, , ,