Gastric cancer biomarkers; A systems biology approach

سرطان معده یکی از کشنده‌ترین سرطان‌ها در جهان است. تلاش‌های زیادی در سال‌های اخیر صورت گرفته تا پروتئین‌های اثربخش در سرطان معده مشخص شوند. با استفاده از فهرست جامع پروتئین‌های موجود در سرطان معده، دانشمندان قادر به بازیابی اطلاعات تعامل شدند. مطالعه شبکه‌های تعامل پروتئین-پروتئین به واسطه زیست‌شناسی سیستم‌ها مبتنی بر تحلیل باعث فراهم شدن استراتژی‌های مناسب برای کشف پروتئین‌های کاندید و مسیرهای زیست‌شناسی اصلی شد. در این تحقیق، موضوع‌های کارکردی غالب و پارامترهای مرکزی شامل بینابینی و همچنین درجه هر خوشه مکان‌نمایی و به لحاظ اظهاری شبکه‌های فرعی فعال در شبکه منتج بررسی می‌شوند. نتایج تحلیل کارکردی بر مجموعه‌های ژنی نشان داد که مسیر سیگنال‌دهی نوروتروفین، چرخه سلولی و شکافت نوکلئوتید قوی‌ترین سیگنال‌های غنی‌سازی را دارند. برطبق پارامترهای مرکزی محاسبه شده، HNF4A, TAF1 و TP53 به عنوان مهمترین گره‌ها در شبکه تعامل پروتئین‌های دخیل در سرطان معده جلوه‌گر می‌شوند. این تحقیق مسیرها و پروتئین‌هایی را نشان داد که به عنوان شاخص‌های تشخیصی و اهداف درمانی برای تلاش‌های آتی برای غلبه بر سرطان معده کاربردپذیر هستند.