کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
8644788 | 1569768 | 2018 | 6 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Whole genome sequencing and bioinformatics analysis of two Egyptian genomes
ترجمه فارسی عنوان
تجزیه و تحلیل توالی ژنوم کل و تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک دو ژنوم مصری
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
revised Cambridge Reference SequenceEGPrCRSLHONNGSWGSMitochondrial DNA - DNA میتوکندریاY-STR - STR-YBioinformatics - بیوانفورماتیک Next generation sequencing - توالی نسل بعدیWhole-genome sequencing - توالی کامل ژنومWhole genome sequencing - توالی یابی کامل ژنومmtDNA - دیانای میتوکندریاییLinkage disequilibrium - عدم تعادل پیوستگیEgyptian - مصریHuman migration - مهاجرت انسانیLeber's hereditary optic neuropathy - نوروپاتی اپتیکی ارثی LeberSingle nucleotide polymorphism - پلیمورفیسم تک نوکلئوتیدیSNP - چندریختی تک-نوکلئوتیدHigh quality - کیفیت بالاVariants - گزینه ها
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
ژنتیک
چکیده انگلیسی
We report two Egyptian male genomes (EGP1 and EGP2) sequenced at ~ 30à sequencing depths. EGP1 had 4.7 million variants, where 198,877 were novel variants while EGP2 had 209,109 novel variants out of 4.8 million variants. The mitochondrial haplogroup of the two individuals were identified to be H7b1 and L2a1c, respectively. We also identified the Y haplogroup of EGP1 (R1b) and EGP2 (J1a2a1a2â¯>â¯P58â¯>â¯FGC11). EGP1 had a mutation in the NADH gene of the mitochondrial genome ND4 (m.11778â¯Gâ¯>â¯A) that causes Leber's hereditary optic neuropathy. Some SNPs shared by the two genomes were associated with an increased level of cholesterol and triglycerides, probably related with Egyptians obesity. Comparison of these genomes with African and Western-Asian genomes can provide insights on Egyptian ancestry and genetic history. This resource can be used to further understand genomic diversity and functional classification of variants as well as human migration and evolution across Africa and Western-Asia.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Gene - Volume 668, 20 August 2018, Pages 129-134
Journal: Gene - Volume 668, 20 August 2018, Pages 129-134
نویسندگان
Mahmoud ElHefnawi, Sungwon Jeon, Youngjune Bhak, Asmaa ElFiky, Ahmed Horaiz, JeHoon Jun, Hyunho Kim, Jong Bhak,