ProfileXpert : plateforme de génomique au service de la recherche et de la clinique

RésuméProfileXpert est une plateforme de génomique à haut débit de l’institut fédératif des neurosciences de Lyon (IFNL), spécialisée dans l’analyse du transcriptome et du génome par les technologies des puces à ADN. ProfileXpert a été fondé en 2003, pour implémenter ces approches technologiques au sein de l’IFNL et de la région Rhône-Alpes. ProfileXpert s’est donné trois missions : proposer une offre globale de service d’analyse du transcriptome et du génome, renforcer l’activité de formation en génomique et développer une activité de transfert portant sur le développement d’outils innovants de nanogénomiques pour la recherche de marqueurs à visée médicale. ProfileXpert, animé par une équipe de spécialistes en génomique, est équipé de deux plateformes robustes de puces à ADN. ProfileXpert se caractérise par ses capacités : à assurer des services complémentaires « transcriptome et génotypage » ; à proposer une gamme étendue de puces (expression, exons, promoteurs, mapping, tiling), d’applications (analyse quantitative et qualitative du transcriptome, identification de nouveaux variants, de nouveaux transcrits, identification de pertes d’hétérozygotie, de variation du nombre de copies chromosomiques) et de génomes (homme, rat, souris, bœuf, poulet, c-elegans…) ; à analyser des microquantités d’acides nucléiques compatibles avec des échantillons cliniques (biopsies, cellules isolées, fluides biologiques) et à assurer un service d’analyse de données grâce à des logiciels spécifiques, allant du traitement d’image au data mining.

ProfileXpert is a genomic facility from the Federative Institute of Neuroscience of Lyon, specialized in the analysis of transcriptome and genotyping using the DNA microarray technology. ProfileXpert was founded in 2003 to implement these technologies into the Federative Institute of Neuroscience of Lyon and in the Rhône-Alpes area. ProfileXpert has three objectives: to provide a global DNA microarray (transcriptome and genotyping) service, to reinforce teaching and training activity in genomic and finally, to develop research and development projects, focused on innovating micro- and nanogenomic tools and on the identification of clinical molecular markers. ProfileXpert is equipped with state-of-the-art required hardware and operates by highly-qualified staff. ProfileXpert is characterized by its capacities: to ensure two complementary approaches (transcriptome and genotyping); to propose a wide range of chips (expression, exons, promoters, mapping, tiling), applications (qualitative and quantitative expression, alternative splicing, loss of heterozygoty, copy number variation analysis) and genomes (human, mouse, rat, bovine, chicken, c-elegans…); to analyse micro-amount of nucleic acids compatible with clinical samples (biopsy, isolated cells, biological fluids…) and to ensure data analysis, by using data mining and data analysis softwares.