کد مقاله کد نشریه سال انتشار مقاله انگلیسی نسخه تمام متن
8876870 1623771 2018 32 صفحه PDF دانلود رایگان
عنوان انگلیسی مقاله ISI
The impact of protein interaction networks' characteristics on computational complex detection methods
ترجمه فارسی عنوان
تاثیر ویژگی های شبکه های متقابل پروتئین بر روش های تشخیص مجتمع
کلمات کلیدی
شبکه های متقابل پروتئین-پروتئین، روش های تشخیص پیچیده پروتئین محاسباتی
ترجمه چکیده
پروتئین های پروتئینی از پروتئین های در حال تعامل فیزیکی نقش مهمی در سازماندهی فرآیندهای بیولوژیکی مختلف در سلول دارند. بنابراین، شناسایی درست مجموعه ها برای تشخیص مکانیزم های سلولی در فرآیندهای بیولوژیکی بسیار مفید است. از آنجاییکه تکنیک های با توان بالا در حال حاضر مقدار زیادی از متابولیسم پروتئین را تولید کرده اند، روش های محاسباتی مفید برای روش های آزمایشی برای تشخیص پروتئین هستند. در این مقاله، 6 شبکه پروتئینی متقابل پروتئینی که به طور گسترده ای برای تشخیص پیچیده پروتئین استفاده می شود را تجزیه و تحلیل می کنیم و عملکرد شش روش محاسبات کلاسی را بر روی آنها مقایسه می کنیم تا تاثیرات ویژگی های شبکه را بر عملکرد این روش های تشخیص پیچیده پیدا کنیم. علاوه بر این، ما ویژگی های توپولوژیکی 6 شبکه متقابل پروتئین را تغییر می دهیم و نتایج را با تست شش روش در موارد جدید بررسی می کنیم. ما امیدواریم که مطالعه ما نه تنها به شناسایی روابط بین ویژگی های شبکه های متقابل پروتئین و روش های تشخیص پیچیده کامپیوتری کمک کند بلکه بینش ارزشمندی را برای بهبود عملکرد در منطقه تشخیص پیچیده پروتئین ارائه می دهد.
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری علوم کشاورزی و بیولوژیک علوم کشاورزی و بیولوژیک (عمومی)
پیش نمایش مقاله
تاثیر ویژگی های شبکه های متقابل پروتئین بر روش های تشخیص مجتمع
چکیده انگلیسی
Protein complexes of physically interacting proteins play an important role in organizing various biological processes in the cell. Therefore, correctly identifying complexes is useful for deciphering the cellular mechanisms underlying many biological processes. Since the existing high-throughput techniques have produced a large amount of protein interactions, computational methods are useful complements to the experimental methods for detecting protein complexes. In this paper, we analyze six protein interaction networks widely used for protein complex detection, and compare the performance of six classic computational methods on them in order to find the impacts of network characteristics on the performances of these complex detection methods. Furthermore, we change topological characteristics of six protein interaction networks, and verify the findings by testing performances of six methods on new ones. We hope our study will not only help recognize the relations between characteristics of protein interaction networks and computational complex detection methods, but also provide valuable insight to improve the performance in protein complex detection area.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Theoretical Biology - Volume 439, 14 February 2018, Pages 141-151
نویسندگان
, , , , , , ,