کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
9126831 | 1569960 | 2005 | 8 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
A web tool for comparative genomics: G-compass
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
GenbankEMBLGenome alignmentRefSeqMSPsnoRNAWWWCGIChrECROrthologous geneDDBJMIRUCSCcommon gateway interfaceNCBIDNA Data Bank of JapanFull-length cDNA - cDNA کامل طول می کشدsmall nucleolar RNA - RNA کوچک هسته ایSINE - آنهاEST - استDatabase - بانک اطلاعاتی، دادِگان یا دِیتابِیسBioinformatics - بیوانفورماتیک expressed sequence tag(s) - تکرار تکرار شده (ها)Mammalian-wide interspersed repeat - تکرار مکرر پستاندارانLINE - خط LINEUniversity of California Santa Cruz - دانشگاه کالیفرنیا سانتا کروزEvolutionary biology - زیست شناسی تکاملیShort interspersed element - عنصر مبهم کوتاهlong interspersed element - عنصر مشتق شده طولانیGenome browser - مرورگر ژنومThe National Center for Biotechnology Information - مرکز ملی بیوتکنولوژی اطلاعاتURL - نشانی اینترنتیWorld Wide Web - وب جهان گستر%ID - ٪شناسهChromosome - کروموزمguanine and cytosine - گوانین و سیتوزینGHz - گیگاهرتزuniform resource locator - یک منبع منابع انحصاری
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
ژنتیک
پیش نمایش صفحه اول مقاله
![عکس صفحه اول مقاله: A web tool for comparative genomics: G-compass A web tool for comparative genomics: G-compass](/preview/png/9126831.png)
چکیده انگلیسی
In order to assist the progression of comparative genomics, we have developed a new web-based tool, named G-compass, for browsing and analysis of genome alignments. G-compass utilizes 829,311 pieces of genome alignments between human and mouse that were originally produced for this tool. The quality of the genome alignment set was evaluated by using several statistics. As a result, the alignment set is found to cover approximately 17% of the human genome and 82% of the annotated exons. The averages of nucleotide sequence identity and sequence length are 71.2% and 673.6 bp, respectively. In comparison with public data, it appeared that our data is more expansive and possesses greater genome coverage. G-compass incorporates unique functions such as window analysis of individual alignments. Furthermore, with G-compass and the joint help of H-InvDB, we were able to find highly conserved genomic segments and a human specific antisense transcript candidate, demonstrating that G-compass is useful for facilitating biological discoveries. G-compass is publicly accessible on the WWW at http://www.jbirc.aist.go.jp/g-compass/.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Gene - Volume 364, 30 December 2005, Pages 45-52
Journal: Gene - Volume 364, 30 December 2005, Pages 45-52
نویسندگان
Yasuyuki Fujii, Takeshi Itoh, Ryuichi Sakate, Kanako O. Koyanagi, Akihiro Matsuya, Takuya Habara, Kaori Yamaguchi, Yayoi Kaneko, Takashi Gojobori, Tadashi Imanishi,