دانلود مقالات ISI درباره Mm-Pbsa + ترجمه فارسی

تجمع دیادژن با سیکلوکودرکستین های بدون تغییر: یک مطالعه تئوری و تجربی دقیق

Diadzein complexation with unmodified cyclodextrins: A detailed experimental and theoretical study

Keywords: α-CD; alpha-cyclodextrin; AC; antioxidant activity; ABTS; 2,2′-azino-bis-3-ethylbenzothiazoline-6-sulphonic acid; β-CD; beta-cyclodextrin; DZ; daidzein; EE (%); encapsulation efficiency (%); FE-SEM; field emission scanning electron microscopy; FT-IR;

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 53 صفحه سال انتشار : 2018 سفارش ترجمه

طراحی پپتیدهای سورفاکتانت جدید برای اتصال به نانولوله های کربنی از طریق روش های محاسباتی

Designing new surfactant peptides for binding to carbon nanotubes via computational approaches

Keywords: RMSD; root mean square deviation; MD; molecular dynamics simulation; MM-PBSA; molecular mechanics Poisson-Boltzmann surface area; Carbon nanotubes; Surfactant peptide; Molecular dynamics simulation; Steric hindrance; Docking; MM-PBSA binding free energy;

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 33 صفحه سال انتشار : 2017 سفارش ترجمه

سنتز، فعالیت آنتی کولین استراز و مطالعه مدل سازی مولکولی مشتقات تیمول / کارواکرول جدید کاربامات

Synthesis, anticholinesterase activity and molecular modeling study of novel carbamate-substituted thymol/carvacrol derivatives

Keywords: Thymol; Carvacrol; Carbamate; Alzheimer's disease; Molecular docking; Molecular dynamics (MD) simulations; MM-PBSA; Induced fit docking (IFD);

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 35 صفحه سال انتشار : 2017 سفارش ترجمه

نگاهی به مکانیسم عمل و انتخابی مهار کننده های برگشت پذیر کاسپاز 3 از طریق مطالعات سیلیکا

Insight into the mechanism of action and selectivity of caspase-3 reversible inhibitors through in silico studies

Keywords: Alzheimer's disease; Caspase-3 inhibitors; Molecular docking; MD simulations; Rational drug design; AD; Alzheimer's disease; Aβ; amyloid-β; ESP; electrostatic potential; GAFF; General Amber Force Field; GSAP; gamma secretase activating protein; MD; mole

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 38 صفحه سال انتشار : 2017 سفارش ترجمه

خواص نوری رنگدانه های شراب: دستورالعمل های نظری با دیدگاه های روش شناختی جدید

Optical properties of wine pigments: theoretical guidelines with new methodological perspectives

Keywords: Wine pigments; Anthocyanins; Quantum chemistry; Dispersive&RSH (TD)-DFT; Copigmentation; Molecular dynamics; AM1; Austin Model 1; ASC; Apparent Surface Charge; BSSE; Basis Set Superposition Error; CAM-B3LYP; Coulomb-Attenuated Method B3LYP; CC; Coupled Cl

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 38 صفحه سال انتشار : 2015 سفارش ترجمه

محاسبه انرژی آزاد و اتصال دهنده مهار کننده های سیتوئین

Docking and binding free energy calculations of sirtuin inhibitors

Keywords: Sirtuin; MM-GBSA; MM-PBSA; Virtual screening

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 15 صفحه سال انتشار : 2015 سفارش ترجمه

Investigating the binding mechanism of (4-Cyanophenyl)glycine derivatives as reversible LSD1 by 3D-QSAR, molecular docking and molecular dynamics simulations

Keywords: LSD1; (4-Cyanophenyl)glycine derivatives; 3D-QSAR; Molecular docking; Molecular dynamics simulations; MM-PBSA;

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 10 صفحه سال انتشار : 2019 سفارش ترجمه

Characterization of the ligand binding of PGRP-L in half-smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis) by molecular dynamics and free energy calculation

Keywords: Immune system; Inducible gene; Ligand binding; Marine teleost; MM-PBSA; PGN binding; Molecular docking; Molecular dynamics; Peptidoglycan recognition protein; Peptidoglycan; Toll-like receptors;

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 7 صفحه سال انتشار : 2018 سفارش ترجمه

MM-PBSA and per-residue decomposition energy studies on 7-Phenyl-imidazoquinolin-4(5H)-one derivatives: Identification of crucial site points at microsomal prostaglandin E synthase-1 (mPGES-1) active site

Keywords: mPGES-1; Molecular dynamics simulations; MM-PBSA; Per-residue decomposition energy; Virtual screening;

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 8 صفحه سال انتشار : 2018 سفارش ترجمه

Molecular modeling on porphyrin derivatives as β5 subunit inhibitor of 20S proteasome

Keywords: Molecular docking; Molecular dynamics simulation; MM-PBSA; Proteasome; Porphyrin;

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 9 صفحه سال انتشار : 2018 سفارش ترجمه

Exploring the interactions of EGFR with phosphorylated Mig6 by molecular dynamics simulations and MM-PBSA calculations

Keywords: Epidermal growth factor receptor (EGFR); Mig6; Phosphorylation; Molecular dynamics simulation; MM-PBSA;

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 30 صفحه سال انتشار : 2018 سفارش ترجمه

Pharmacophore-based virtual screening for identifying β5 subunit inhibitor of 20S proteasome

Keywords: MM-PBSA; Molecular docking; Molecular dynamics simulation; Pharmacophore model; Proteasome; Virtual screening;

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 30 صفحه سال انتشار : 2018 سفارش ترجمه

Binding affinity of the L-742,001 inhibitor to the endonuclease domain of A/H1N1/PA influenza virus variants: Molecular simulation approaches

Keywords: A/H1N1/PA viruses; pH1N1 PA influenza virus; PR8 PA influenza virus; SMD; MM-PBSA; FEP; Binding free energy;

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 38 صفحه سال انتشار : 2018 سفارش ترجمه

Identification of potential inhibitors against nuclear Dam1 complex subunit Ask1 of Candida albicans using virtual screening and MD simulations

Keywords: Protein modeling; MM-PBSA; virtual screening; Dam1 complex; molecular docking; Antifungal; Drug;

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 38 صفحه سال انتشار : 2018 سفارش ترجمه

Structural dynamics and quantum mechanical aspects of shikonin derivatives as CREBBP bromodomain inhibitors

Keywords: CREBBP; Bromodomain; Molecular dynamics; Propionylshikonin; MM-PBSA; MM-GBSA; QM/MM;

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 38 صفحه سال انتشار : 2018 سفارش ترجمه

Molecular insights into the role of a distal F240A mutation that alters CYP1A1 activity towards persistent organic pollutants

Keywords: Biotransformation; Tunnel; MM-PBSA; Protein engineering; Distal mutation; Rational enzyme design;

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 9 صفحه سال انتشار : 2017 سفارش ترجمه

Molecular modeling of cationic porphyrin-anthraquinone hybrids as DNA topoisomerase IIβ inhibitors

Keywords: Porphyrin; DNA topoisomerase II; Molecular docking; Molecular dynamics simulation; MM-PBSA;

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 24 صفحه سال انتشار : 2017 سفارش ترجمه

In silico study of porphyrin-anthraquinone hybrids as CDK2 inhibitor

Keywords: Molecular docking; Molecular dynamics simulation; MM-PBSA; CDK2; Porphyrin; Cancer;

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 26 صفحه سال انتشار : 2017 سفارش ترجمه

Molecular investigation of active binding site of isoniazid (INH) and insight into resistance mechanism of S315T-MtKatG in Mycobacterium tuberculosis

Keywords: MDR TB; INH resistance; INH binding site; Molecular dynamics; MM-PBSA; PCA; FEL; MtKatG; Mycobacterium tuberculosis KatG; MDR; Multi drug resistant; TB; Tuberculosis; Mtb; Mycobacterium tuberculosi; INH; Isoniazid; MD; molecular dynamics; PCA; Principal c

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 30 صفحه سال انتشار : 2017 سفارش ترجمه

Structure-function studies of BPP-BrachyNH2 and synthetic analogues thereof with Angiotensin I-Converting Enzyme

Keywords: Docking; Molecular dynamics simulations; Molecular mechanics Poisson-Boltzmann surface area; g_mmpbsa; proline-Rich oligopeptide; Toxicological prediction; ACE; Angiotensin-I converting enzyme; ADT; AutoDock Tools; CC50; Mean cytotoxic concentration; IC50

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 33 صفحه سال انتشار : 2017 سفارش ترجمه

A docking model of dapsone bound to HLA-B*13:01 explains the risk of dapsone hypersensitivity syndrome

Keywords: Dapsone; 4,4′-diaminodiphenylsulfone; DHS; dapsone hypersensitivity syndrome; HLA; human leukocyte antigen; 3D; three-dimensional; MD; molecular dynamics; MM-PBSA; molecular mechanics Poisson-Boltzman surface area; TEN; toxic epidermal necrolysis; SJS;

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 38 صفحه سال انتشار : 2017 سفارش ترجمه

Siderophore transport by MmpL5-MmpS5 protein complex in Mycobacterium tuberculosis

Keywords: Mtb; Mycobacterium tuberculosis; MmpL; Mycobacterial membrane protein large; MBT; Mycobactin; PBP; Periplasmic binding pocket; CBP; Cytoplasmic binding pocket; RND; Resistance Nodulation Division; TM; Trans membrane; MM-PBSA; Molecular Mechanics/Poisson-B

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 43 صفحه سال انتشار : 2017 سفارش ترجمه

Computer-aided identification of potential TYK2 inhibitors from drug database

Keywords: TYK2; Kinase inhibitor; Molecular docking; MD simulation; MM-PBSA

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 9 صفحه سال انتشار : 2016 سفارش ترجمه

Gliptins in managing diabetes - Reviewing computational strategy

Keywords: Gliptins; DPP4 inhibitors; in silico tools; Virtual screening; ADMET; Molecular docking; Molecular dynamics; MM-PBSA;

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 13 صفحه سال انتشار : 2016 سفارش ترجمه

Molecular dynamics simulation and free energy calculation studies of kinase inhibitors binding to active and inactive conformations of VEGFR-2

Keywords: VEGFR-2; Type I inhibitors; Type II inhibitors; Molecular dynamics; MM-PBSA; MM-GBSA

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 10 صفحه سال انتشار : 2015 سفارش ترجمه

Exploring the drug resistance of V32I and M46L mutant HIV-1 protease to inhibitor TMC114: Flap dynamics and binding mechanism

Keywords: HIV-1 protease; TMC114; Drug resistance; Double TMC114 bound complex; MM-PBSA; Molecular dynamics simulation

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 14 صفحه سال انتشار : 2015 سفارش ترجمه

Molecular dynamics simulation of a cucurbituril based molecular switch triggered by pH changes

Keywords: Cucurbit[n]uril; Simulations; Molecular switches; MM-PBSA;

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 37 صفحه سال انتشار : 2015 سفارش ترجمه

A human ether-á-go-go-related (hERG) ion channel atomistic model generated by long supercomputer molecular dynamics simulations and its use in predicting drug cardiotoxicity

Keywords: 1-NP; 1-naphthol; APBS; adaptive Poisson-Boltzmann solver; DBI; Davies-Bouldin index; DMSO; dimethylsulfoxide; EC; extracellular buffer; GAFF; generalized amber force field; hERG; human ether-á-go-go-related K+ ion channel; IC; intracellular buffer;

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 11 صفحه سال انتشار : 2014 سفارش ترجمه

In silico and in vitro characterization of anti-amyloidogenic activity of vitamin K3 analogues for Alzheimer's disease

Keywords: Aβ; amyloid-beta; VK; vitamin K; AD; Alzheimer's disease; IC50; half maximal inhibitory concentration; ApoE; apolipoprotein E; MD; molecular dynamics; MM-PBSA; molecular mechanics-Poisson−Boltzmann surface area; SI; supplemental information; DCFH-DA; d

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 10 صفحه سال انتشار : 2013 سفارش ترجمه

Advances and applications of binding affinity prediction methods in drug discovery

Keywords: Binding affinity; Drug discovery; Virtual screening; Scoring functions; Free energy perturbation (FEP); Linear interaction energy (LIE); MM-PBSA; MM-GBSA; BEAR

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 7 صفحه سال انتشار : 2012 سفارش ترجمه

Application of a post-docking procedure based on MM-PBSA and MM-GBSA on single and multiple protein conformations

Keywords: Virtual screening; Post-docking refinement; MM-PBSA; MM-GBSA; Enrichment factor; Drug design

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 10 صفحه سال انتشار : 2012 سفارش ترجمه

Binding of single walled carbon nanotube to WT and mutant HIV-1 proteases: Analysis of flap dynamics and binding mechanism

Keywords: Single walled carbon nanotube (SWCNT); Molecular dynamics; Binding energy; MM-PBSA; HIV-1 protease inhibitor; Flap dynamics

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 16 صفحه سال انتشار : 2012 سفارش ترجمه

Exploration of the binding of benzimidazole-biphenyl derivatives to hemoglobin using docking and molecular dynamics simulation

Keywords: Hemoglobin; Benzimidazole-biphenyl derivatives; Erythrocyte; Molecular dynamics; Molecular docking; MM-PBSA

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 7 صفحه سال انتشار : 2011 سفارش ترجمه

Brazilian propolis-derived components inhibit TNF-α-mediated downregulation of adiponectin expression via different mechanisms in 3T3-L1 adipocytes

Keywords: aP2; adipocyte fatty acid-binding protein 4; EMM; molecular mechanics energy; FBS; fetal bovine serum; JNK; c-Jun-NH2-terminal kinase; MAPK; mitogen-activated protein kinase; MKK; mitogen-activated protein kinase kinase; MM-PBSA; molecular mechanics Poiss

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 9 صفحه سال انتشار : 2011 سفارش ترجمه

Some insights into mechanism for binding and drug resistance of wild type and I50V V82A and I84V mutations in HIV-1 protease with GRL-98065 inhibitor from molecular dynamic simulations

Keywords: Molecular dynamics simulation; MM-PBSA; HIV-1 protease; Drug resistance;

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 9 صفحه سال انتشار : 2010 سفارش ترجمه

NMR spectroscopy and computational analysis of interaction between Serratia marcescens chitinase B and a dipeptide derived from natural-product cyclopentapeptide chitinase inhibitor argifin

Keywords: UHBHXSDKGLPPGO-HTDHLNIYSA-M; NXHZAKRRBAPHDQ-HOTGVXAUSA-N; GlcNAc; N-acetyl-d-glucosamine; MD; molecular dynamics; MM-PBSA; molecular mechanics Poisson-Boltzmann surface area; TRNOE; transferred nuclear Overhauser effect; Binding free energy; Chitinase;

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 10 صفحه سال انتشار : 2010 سفارش ترجمه

Design of novel α7-subtype-preferring nicotinic acetylcholine receptor agonists: Application of docking and MM-PBSA computational approaches, synthetic and pharmacological studies

Keywords: MM-PBSA; Neuronal nicotinic acetylcholine receptors; α7 Selective nicotinic agonists; Binding affinity

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 5 صفحه سال انتشار : 2009 سفارش ترجمه

Molecular insight into the interaction mechanisms of inhibitors BEC and BEG with HIV-1 protease by using MM-PBSA method and molecular dynamics simulation

Keywords: Molecular dynamics; MM-PBSA; HIV-1 protease; BEC; BEG;

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 6 صفحه سال انتشار : 2009 سفارش ترجمه

Molecular dynamics simulations of the amyloid-beta binding alcohol dehydrogenase (ABAD) enzyme

Keywords: ABAD; AG18051 inhibitor; MM-PBSA; Molecular dynamics

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 8 صفحه سال انتشار : 2008 سفارش ترجمه

Computational analysis of the binding affinities of the natural-product cyclopentapeptides argifin and argadin to chitinase B from Serratia marcescens

Keywords: Binding free energy; Drug design; Molecular dynamics; MM-PBSA

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 15 صفحه سال انتشار : 2008 سفارش ترجمه

Prediction of binding for a kind of non-peptic HCV NS3 serine protease inhibitors from plants by molecular docking and MM-PBSA method

Keywords: MM-PBSA; Molecular dynamics; Docking; Polyphenol; Inhibitor; HCV NS3 protease

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 7 صفحه سال انتشار : 2007 سفارش ترجمه

Predicting the binding properties of cibacron blue F3GA in affinity separation systems

Keywords: Cibacron blue F3GA; Quinone reductase; HSA; Molecular dynamics; Affinity; AMBER; MM-PBSA; Electrostatic surface map

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 9 صفحه سال انتشار : 2007 سفارش ترجمه

Why does β-secretase zymogen possess catalytic activity? Molecular modeling and molecular dynamics simulation studies

Keywords: Homolgy modeling; Steered MD; MM-PBSA; Free energy; Drug design

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 10 صفحه سال انتشار : 2007 سفارش ترجمه

Validation of an automated procedure for the prediction of relative free energies of binding on a set of aldose reductase inhibitors

Keywords: Drug design; MM-PBSA; Virtual screening; Aldose reductase

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 13 صفحه سال انتشار : 2007 سفارش ترجمه

Accuracy of the numerical solution of the Poisson-Boltzmann equation

Keywords: Poisson-Boltzmann; Free binding energy; MM-PBSA; Alanine scanning mutagenesis; Mutagenesis; Electrostatic solvation; DelPhi; Finite difference method;

دانلود رایگان متن کامل مقاله ISI 8 صفحه سال انتشار : 2005 سفارش ترجمه