Enzymatic reaction sites on a plane formed with four exon-junctions

درک تعامل آنزیم با بستر آن برای بررسی عملکرد پروتئین مهم است. با این حال، به رغم تلاش های مداوم بسیاری از محققان عالی، هنوز هیچ توضیحی رضایت بخش برای پوشاندن پروتئین وجود ندارد. ما یک رویکرد جدید برای تجزیه و تحلیل مجتمع های آنزیم-سوبسترا ارائه می دهیم. پیش از این، ما نشان دادیم که چهار ناحیه اگزون در یک دامنه ساختار پروتئینی آنزیم و پروتئین حامل یک هواپیما در اطراف لیگاند های مربوطه می باشند. در اینجا، ما تشکیل دو هواپیما را با دو ترکیب چهار ناحیه اگزون درون آنزیم بزرگ، آسپارتات آمینوترانسفراز گزارش می کنیم. تقریبا تمام اتم های لیگاند درون یک هواپیما قرار گرفته اند، در حالی که هواپیما دیگر بیشترین مقدار اتم های کوآنزیم را در خود جای داده است و این نشان می دهد که هواپیما سابق و دوم به ترتیب به عنوان واکنش آنزیم و مناطق حمایت می شود. نتایج شبیه سازی نشان داد که تشکیل دو لایه در آنزیم با چهار موقعیت تصادفی امکان پذیر است؛ با این حال، رابطه بین لایه سازی کوآنزیم بستر و هواپیما قابل توجه است و از لحاظ زیست شناختی مهم است. ما تشکیل چنین هواپیما هایی در اطراف لیگاند را شرح می دهیم، از جمله بقایای لیگایی برای کوآنزیم بدون هیچگونه سوبسترا.