کد مقاله کد نشریه سال انتشار مقاله انگلیسی نسخه تمام متن
10480936 933010 2013 11 صفحه PDF دانلود رایگان
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Theoretical estimation of metabolic network robustness against multiple reaction knockouts using branching process approximation
ترجمه فارسی عنوان
برآورد تئوری استحکام شبکه متابولیسم در برابر ضربه های واکنش چندگانه با استفاده از تقریب روند شاخه
کلمات کلیدی
ترجمه چکیده
در مطالعه قبلی ما نشان داده شده است که تقریب روند شبیه سازی برای ارزیابی استحکام متابولیک، با استفاده از درجه ضربه، اندازه گیری شده است. با استفاده از تئوری جنگل های خانوادگی تصادفی، ما در اینجا تقریبی از فرآیند شاخه را گسترش می دهیم تا ناکامی های واکنش های چندگانه را مورد توجه قرار دهیم که القاء اهمیت چندین ضربه از طریق مطالعات محاسباتی و تجربی اخیر است. علاوه بر این، ما تعریف بهتر از تعداد فرزندان هر گره واکنش را پیشنهاد می دهیم، که امکان برآورد بهتر از توزیع درجه تأثیر به دست می آید که در نتیجه یک ضربه نهایی انجام می شود. مهمتر از همه، رویکرد پیشنهادی ما در مورد چندین ضربه آزاد نیز کاربرد دارد. مقایسه مقادیر پیش بینی های نظری و نتایج عددی با استفاده از شبکه های متابولیک واقعی در جهان، اعتبار مدل سازی بر اساس جنگل های خانواده تصادفی را برای برآورد توزیع درجه تأثیر ناشی از نابودی واکنش های چندگانه نشان می دهد.
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه ریاضیات فیزیک ریاضی
چکیده انگلیسی
In our previous study, we showed that the branching process approximation is useful for estimating metabolic robustness, measured using the impact degree. By applying a theory of random family forests, we here extend the branching process approximation to consider the knockout of multiple reactions, inspired by the importance of multiple knockouts reported by recent computational and experimental studies. In addition, we propose a better definition of the number of offspring of each reaction node, allowing for an improved estimation of the impact degree distribution obtained as a result of a single knockout. Importantly, our proposed approach is also applicable to multiple knockouts. The comparisons between theoretical predictions and numerical results using real-world metabolic networks demonstrate the validity of the modeling based on random family forests for estimating the impact degree distributions resulting from the knockout of multiple reactions.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Physica A: Statistical Mechanics and its Applications - Volume 392, Issue 21, 1 November 2013, Pages 5525-5535
نویسندگان
, , ,