کد مقاله کد نشریه سال انتشار مقاله انگلیسی نسخه تمام متن
10869910 1073978 2015 11 صفحه PDF دانلود رایگان
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Computational prediction of protein interfaces: A review of data driven methods
ترجمه فارسی عنوان
پیش بینی محاسباتی رابط های پروتئین: بررسی روش های داده شده
کلمات کلیدی
پروتئین تعامل پروتئین، فراگیری ماشین، دوختن پیش بینی رابط کاربری اختصاصی، اعتبار صلیب در سطح پروتئین، اعتبار صلیب در سطح نمونه، هشدارهای ارزیابی،
ترجمه چکیده
به طور قابل اعتماد مشخص می شود که بقایای خاص آمینو اسید، واسطه (ها) بین پروتئین و شرکای اتصال دهنده آن را برای درک عوامل تعیین کننده ساختاری و فیزیکی و شیمیایی تشخیص پروتئین و وابستگی پذیری حیاتی، و کاربرد گسترده ای در مدل سازی و اعتبار تعاملات پروتئینی پیش بینی شده است با روشهای پرباری، در پروتئین های مهندسی، و در اولویت بندی اهداف دارویی. در اینجا، ما مفاهیم، ​​اصول و پیشرفت های اخیر در رویکردهای محاسباتی برای تحلیل و پیش بینی رابط های پروتئین-پروتئین را بررسی می کنیم. ما اشاره به نقاط قوت برای ارزیابی عینی پیش بینی کننده های رابط و بحث در مورد برنامه های کاربردی مختلف از پیش بینی های رابط داده مبتنی بر داده ها برای بهبود پروتکل پروتئین پروتئین مدل مدل انرژی است. در نهایت، ما بر اهمیت بهره برداری از اطلاعات مربوط به شریک در اعتماد به پیش بینی رابط ها و برجسته پیشرفت های اخیر در این جهت در حال ظهور است.
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری علوم کشاورزی و بیولوژیک دانش گیاه شناسی
پیش نمایش مقاله
پیش بینی محاسباتی رابط های پروتئین: بررسی روش های داده شده
چکیده انگلیسی
Reliably pinpointing which specific amino acid residues form the interface(s) between a protein and its binding partner(s) is critical for understanding the structural and physicochemical determinants of protein recognition and binding affinity, and has wide applications in modeling and validating protein interactions predicted by high-throughput methods, in engineering proteins, and in prioritizing drug targets. Here, we review the basic concepts, principles and recent advances in computational approaches to the analysis and prediction of protein-protein interfaces. We point out caveats for objectively evaluating interface predictors, and discuss various applications of data-driven interface predictors for improving energy model-driven protein-protein docking. Finally, we stress the importance of exploiting binding partner information in reliably predicting interfaces and highlight recent advances in this emerging direction.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: FEBS Letters - Volume 589, Issue 23, 30 November 2015, Pages 3516-3526
نویسندگان
, , , ,