Text mining systems biology: Turning the microscope back on the observer

در این بررسی، رابطه بین زیست شناسی سیستم و معادله متن را توصیف می کنیم. از یک سو، متا مینیعامل به عنوان یک ابزار عملی برای تحقیقات زیست شناسی سیستم، که یکپارچه زمینه های متنوع متنوعی است، و دید کلی از پدیده های بیولوژیکی را در بر می گیرد. در این راستا، تجزیه و تحلیل های مختلفی برای شناسایی موجودات بیولوژیکی، ساخت شبکه های آنها (از جمله نقشه های متقابل پروتئین-پروتئین) انجام شده است و حتی ژن های مرتبط با بیماری را به طور مستقیم از متون پیدا می کنند. از طرف دیگر، استخراج متن نیز می تواند برای مطالعه زیست شناسی سیستم های خود، ارائه یک دیدگاه از دور خواندن؟ بر تکامل این حوزه. به عنوان مثال، با بررسی تغییرات فرکانس ها در نشریات بیولوژی سیستم، می توانیم روند در تمرکز تحقیق و محبوبیت سیستم های مختلف در زیر دامنه های مختلف (مثلا اوتیسم) را تحلیل کنیم. با توجه به این دو کاربرد از استخراج متن برای زیست شناسی سیستم، ما با پیشنهادات برای تطبیق فرمت های انتشار فعلی برای تسهیل مین گذاری متن و استفاده گسترده تر از آن، نزدیک می شویم.