Genetic characterization of H5N1 influenza virus that caused new outbreak in Israel at the beginning of 2008

Our aim was to characterize the A/ck/Israeli/1055/2008 (H5N1) avian influenza virus that was isolated at the beginning of 2008, and to establish the phylogenetic relationship of this isolate to other H5N1 viruses that were recently isolated in adjacent countries. In light of a study of complete nucleotide sequences of all the genes we found that the isolate (year 2008) was closely related to the H5N1 viruses isolated in Egypt, Israel and Gaza in 2006. The Israeli isolate had the hemagglutinin-connecting peptide with a polybasic amino acid insertion. The most host-restriction sites of the 2008 isolate were typical of avian hosts, with one exception: K627 at the PB2 protein. As compared with previous local H5N1 isolates, a high mutation rate was found at the HA gene, which antigenic sites were under positive selection pressure.

RésuméNotre but était de caractériser le virus de la grippe aviaire A/ck/Israeli/1055/2008 (H5N1) qui a été isolé au début de 2008, et d’établir la relation phylogénétique de cet isolat à d’autres virus H5N1 qui ont été récemment isolés dans les pays voisins. A la lumière d’une étude des ordres complets de nucléotide de tous les gènes, nous avons constaté que l’isolat (année 2008) est étroitement lié aux virus H5N1 qui fut isolé en Egypte, en Israël et à Gaza en 2006. L’isolat israélien possède le peptide hémagglutinine-reliant avec une insertion polybasique d’acide aminé. La plupart des emplacements de restriction de l’isolat 2008 étaient typiques à des hôtes aviaires, à une exception: K627 à la protéine PB2. Par rapport aux isolats précédents de H5N1 locaux, un taux élevé de mutation a été trouvé au gène d’HA, dont les emplacements antigéniques étaient sous une pression positive de sélection.