Genome sequencing analysis of Brazilian chicken anemia virus isolates that lack MSB-1 cell culture tropism

Specific amino acid (aa) substitutions in VP1, VP2 and VP3 genes were reported as a distinctive feature of the American CIA-1 strain, characterized as having a variable rate of growth and tropism for different MSB-1 cell sublines [Renshaw RW, Soiné C, Weinkle T, O’Connell PH, Ohashi K, Watson S, et al. A hypervariable region in VP1 of chicken anemia virus mediates rate of spread and cell tropism in tissue culture. J Virol 1996;70(12):8872–8]. DNA sequencing of 878 nucleotides from twelve Brazilian CAV, eight of which tested for in vitro isolation in three different sources of MDCC-MSB1 cell line and identified as lacking capacity to propagate in any of these cells, were compared to sequence data available for CAV strains propagated or not in cell culture. Alignment of the deduced aa resulted in a lack of singled out amino acid substitutions in the partial genomic sequences of Brazilian isolates that would entirely contrast them to viruses propagated in MSB-1 cells, indicating that the combined VP1, VP2 and VP3 substitutions observed may not entirely account as sole determinants of CAV isolation and propagation in MDCC-MSB-1 cells.

RésuméDes substitutions d’amino-acides dans les gènes VP1, VP2 et VP3 ont été décrits comme un paramètre distinct de l’échantillon Américain de la souche CIA-1, caractérisée pour posséder des taux variables de croissance et pour connaître une affinité pour différents types de cellules MSB-1 [Renshaw RW, Soiné C, Weinkle T, O’Connell PH, Ohashi K, Watson S, et al. A hypervariable region in VP1 of chicken anemia virus mediates rate of spread and cell tropism in tissue culture. J Virol 1996;70(12):8872–8]. Le sequençage de DNA de 878 nucléotides provenant de douze échantillons Brésiliens de CAV,dont huit ont été testés in vitro dans trois différentes souches de la lignée de cellules MDCC-MSB-1, et identifiés comme ayant perdu leur capacité de se propagar dans ces cellules, a été comparé aux séquence disponibles d’échantillons de CAV propagées ou non en cultures. L’alignement des acides aminés manquant a résulté du défaut de remplacements d’acides aminés dans la séquence partielle du génome des échantillons Brésiliens qui étaient différents des virus propagés dans des cellules MSB-1, indiquant que les substitutions observées dans VP1, VP2 et VP3 ne sont pas les seuls déterminants de l’isolement et de la propagation du virus CAV dans les cellules MDCC-MSB-1.