Sequencing of variable regions of the 16S rRNA gene for identification of lactic acid bacteria isolated from the intestinal microbiota of healthy salmonids

The aim of this study was to identify lactic acid bacteria (LAB) using polymerase chain reaction (PCR) amplification of variable regions of the 16S rRNA gene. Thirteen LAB strains were isolated from the intestinal microbiota of healthy salmonids. A ∼500-bp region of the highly conserved 16S rRNA gene was PCR-amplified and following this, a portion of the amplicon (272-bp) including the V1 and V2 variable regions was sequenced. The sequence containing both the V1 and V2 region provided strong evidence for the identification of LAB. The LAB strains were identified as Carnobacterium maltaromaticum, Lactobacillus curvatus, Lactobacillus sakei, Lactobacillus plantarum, Lactococcus lactis subsp. cremoris, Lactococcus lactis subsp. lactis, and Leuconostoc mesenteroides. The method described was found to be a very simple, rapid, specific, and low-cost tool for the identification of unknown strains of LAB.

RésuméL’objectif de cette étude était d’identifier les bactéries lactiques par la méthode PCR appliquée aux régions variables du gène 16S ARNr. Treize souches de bactéries lactiques ont été isolées à partir de l’intestin de salmonidés sains. Une région de quelques 500 paires de bases de la zone hautement conservée du gène 16S ARNr a été amplifiée et ensuite une partie de l’amplicon (272-pb) contenant les régions variables V1 et V2 a été sequencée. La séquence contenant les régions variables V1 et V2 indique spécifiquement l’identité des bactéries lactiques. Les souches isolées ont été identifiées comme étant Carnobacterium maltarmaticum, Lactobacillus curvatus, Lacubacillus sakei, Lactobacillus plantarum, lactobacillus lactis sub-espèce cremoris, Lactobacillus lactis sub-espèce lactis et Leuconostoc mesenteroides. Les résultats ont démontré que cette méthode est très simple, rapide, spécifique, peu coûteuse et permet d’identifier des espèces inconnues de bactéries lactiques.