The genomes of fermentative Saccharomyces

Many different yeast species can take part in spontaneous fermentations, but the species of the genus Saccharomyces, including Saccharomyces cerevisiae in particular, play a leading role in the production of fermented beverages and food. In recent years, the development of whole-genome scanning techniques, such as DNA chip-based analysis and high-throughput sequencing methods, has considerably increased our knowledge of fermentative Saccharomyces genomes, shedding new light on the evolutionary history of domesticated strains and the molecular mechanisms involved in their adaptation to fermentative niches. Genetic exchange frequently occurs between fermentative Saccharomyces and is an important mechanism for generating diversity and for adaptation to specific ecological niches. We review and discuss here recent advances in the genomics of Saccharomyces species and related hybrids involved in major fermentation processes.

RésuméDe nombreuses espèces de levures différentes peuvent participer aux fermentations spontanées, mais les espèces du genre Saccharomyces, incluant Saccharomyces cerevisiae en particulier, jouent un rôle principal dans la production de boissons et d’aliments fermentés. Au cours des récentes années, le développement de techniques d’examen des génomes entiers, telles que les analyses sur puces à ADN et les méthodes de séquençage à haut débit, ont considérablement accru nos connaissances des génomes des Saccharomyces fermentatifs, apportant une lumière nouvelle sur l’histoire évolutive des souches domestiquées et sur les mécanismes moléculaires impliqués dans leur adaptation aux niches fermentaires. L’échange génétique se produit fréquemment entre Saccharomycves fermentatifs et est un mécanisme important de génération de diversité et d’adaptation à des niches écologiques spécifiques. Nous passons en revue et discutons ici les avancées récentes dans la génomique des espèces de Saccharomyces et de leurs hybrides impliqués dans les processus majeurs de fermentation.