Frequency of virulence genes in mixed infections with Helicobacter pylori strains from a Mexican population

BackgroundHelicobacter pylori (H. pylori) is associated with gastroduodenal diseases. Virulence of clinical isolates is related to clinical outcome. Moreover, with microdiversity studies in clinical isolates from a single patient, but from a different origin (antrum or corpus), it is possible to demonstrate that there are simultaneous mixed infections.AimsTo genotype H. pylori strains with multiplex PCR, according to their clinical virulence, and in this manner know the frequency of each genotype and relate it to clinical outcome in order to prevent the development of severe diseases.MethodsA total of 210 patients with gastric alterations were studied. Virulence classification of H. pylori strains was carried out with multiplex PCR and 127 strains were identified as H. pylori by PCR (glmM and cagE). Genotype and clinical outcome were evaluated with the Fisher's exact test. In addition, RAPD-PCR was performed as a fingerprinting method to analyze mixed infections.ResultsThe cagA, vacAs1, and vacAm1 genes were detected in all the clinical isolates. Strains were classified as: type i, 40.15% (51/127); type ii, 22.04% (28/127); and type iii, 28.4% (36/127), but two new different genotypes were also detected: (1) babA2+, cagA+, vacAs1+, 6.29% (8/127) and (2) babA2+, cagA-, vacAs2/m2+, 3.14% (4/127). The cagE gene was detected in type i strains.ConclusionsThe Fisher's exact test did not support a significant association between clinical outcome and genotype. The main circulating genotypes in the Mexican population studied were: cagA+, vacAs1, and vacAm1. Multiplex PCR can be used as a screening test for H. pylori strains. Furthermore, the cagE gene is a good marker for identifying cag-PAI positive strains.

ResumenAntecedentesLa infección por Helicobacter pylori se asocia con gastritis. La variabilidad genética de las cepas tiene importancia clínica. Los estudios de microdiversidad en cepas aisladas de diferente sitio anatómico en un mismo paciente revelan la posibilidad de recuperar 2 o más cepas diferentes.ObjetivosGenotipificar por PCR multiplex según la virulencia de aislados clínicos de H. pylori para determinar la frecuencia de cada genotipo y relacionarlo con la evolución clínica con la finalidad de prevenir el desarrollo de enfermedades graves.MétodosSe estudió a 210 pacientes con alteraciones gastroduodenales; 127 cepas fueron identificadas por PCR (glmM y cagE) y después clasificadas según su virulencia por PCR multiplex. Se hizo la prueba de Fisher para evaluar la relación entre genotipo y resultado clínico. La técnica de RAPD-PCR se empleó como método de huella genética y para analizar la presencia de infecciones mixtas.ResultadoscagA, vacAs1 y vacAm1 estuvieron presentes en todos los aislados clínicos. Las cepas se clasificaron como: tipo i, 40.15%(51/127); tipo ii, 22.04% (28/127), y triples positivas, 28.4% (36/127); se detectaron 2 genotipos nuevos: 1) babA2+, cagA+, vacAs1+, 6.29% (8/27), y 2) babA2+, cagA–, vacAs2/m2+, 3.14% (4/127). cagE se detectó en las cepas tipo ii.ConclusionesLa prueba de Fisher no mostró una asociación significativa entre el resultado clínico y el genotipo en la población estudiada. Los genotipos circulantes en la población mexicana fueron cagA+, vacAs1, vacAm1. La PCR multiplex puede usarse para genotipificar rápidamente las cepas de H. pylori. cagE es un buen marcador para identificar cepas cag-PAI+.