کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
462984 | 696939 | 2015 | 14 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Combining execution pipelines to improve parallel implementation of HMMER on FPGA
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه
مهندسی کامپیوتر
شبکه های کامپیوتری و ارتباطات
پیش نمایش صفحه اول مقاله
![عکس صفحه اول مقاله: Combining execution pipelines to improve parallel implementation of HMMER on FPGA Combining execution pipelines to improve parallel implementation of HMMER on FPGA](/preview/png/462984.png)
چکیده انگلیسی
HMMER is a widely used tool in bioinformatic, based on the Profile Hidden Markov Models. The computation kernels of HMMER, namely MSV and P7Viterbi are very compute intensive, and their data dependencies if interpreted naively, lead to a purely sequential execution. In this paper, we propose a original parallelization scheme for HMMER by rewriting the mathematical formulation, to expose hidden potential parallelization opportunities. Our parallelization scheme targets FPGA technology, and our architecture can achieve 10 times speedup compared with the latest HMMER3 SSE version, without compromising on the sensitivity of original algorithm.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Microprocessors and Microsystems - Volume 39, Issue 7, October 2015, Pages 457–470
Journal: Microprocessors and Microsystems - Volume 39, Issue 7, October 2015, Pages 457–470
نویسندگان
Naeem Abbas, Steven Derrien, Sanjay Rajopadhye, Patrice Quinton, Alexandre Cornu, Dominique Lavenier,