کد مقاله کد نشریه سال انتشار مقاله انگلیسی ترجمه فارسی نسخه تمام متن
494588 862800 2016 10 صفحه PDF سفارش دهید دانلود رایگان
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Genetic algorithm with advanced mechanisms applied to the protein structure prediction in a hydrophobic-polar model and cubic lattice
ترجمه فارسی عنوان
الگوریتم ژنتیک با مکانیزم های پیشرفته برای پیش بینی ساختار پروتئین در یک مدل هیدروفوبیک قطبی و شبکه های مکعبی
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
سفارش ترجمه تخصصی
با تضمین قیمت و کیفیت
کلمات کلیدی
پیش بینی ساختار پروتئین، مدل هیدروفوبیکی قطبی، شبکه مخروطی، الگوریتم ژنتیک، خوشه بندی پرتاب کردن ساز و کار تعمیر جنبش های محلی، مکانیسم مبتنی بر مخالفت
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه مهندسی کامپیوتر نرم افزارهای علوم کامپیوتر
چکیده انگلیسی


• The novel genetic algorithm for the protein structure prediction problem.
• The local search for improving the energy values of the conformations with local movements of one or two consecutive monomers throughout the entire conformation.
• Opposition-based mechanism that transforms conformations into opposite directions and corresponding amino acid sequence to inverse sequence.

This paper presents a genetic algorithm applied to the protein structure prediction in a hydrophobic-polar model on a cubic lattice. The proposed genetic algorithm is extended with crowding, clustering, repair, local search and opposition-based mechanisms. The crowding is responsible for maintaining the good solutions to the end of the evolutionary process while the clustering is used to divide a whole population into a number of subpopulations that can locate different good solutions. The repair mechanism transforms infeasible solutions to feasible solutions that do not occupy the lattice point for more than one monomer. In order to improve convergence speed the algorithm uses local search. This mechanism improves the quality of conformations with the local movement of one or two consecutive monomers through the entire conformation. The opposition-based mechanism is introduced to transform conformations to the opposite direction. In this way the algorithm easily improves good solutions on both sides of the sequence. The proposed algorithm was tested on a number of well-known hydrophobic-polar sequences. The obtained results show that the mechanisms employed improve the algorithm's performance and that our algorithm is superior to other state-of-the-art evolutionary and swarm algorithms.

Figure optionsDownload as PowerPoint slide

ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Applied Soft Computing - Volume 45, August 2016, Pages 61–70
نویسندگان
, ,
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
سفارش ترجمه تخصصی
با تضمین قیمت و کیفیت