کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
5002938 | 1368459 | 2016 | 4 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Analysis of Circadian Cellular Bioluminescence Recordings using a Kalman Smoother
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه
سایر رشته های مهندسی
مکانیک محاسباتی
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
Circadian clocks permit mammals to adapt to their periodic natural environment. These clocks generate rhythms in the expression of genes and proteins in most tissues within the organism. Real-time bioluminescence recordings of gene or protein expression in an important tool to study the clock under different manipulations and conditions. Here, we present a tool to extract useful characteristics of the cellular rhythms, such as period and damping rate, using maximum-likelihood estimation in a stochastic damped oscillator model. The tool uses the expectation-maximization algorithm in combination with a Kalman Smoother to perform the joint state and parameter estimation. We apply this tool to quantify the differences between rhythms in the master circadian clock in the brains of two different knockout mice and compare the results to a standard autocovariance fitting-based approach for parameter estimation.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: IFAC-PapersOnLine - Volume 49, Issue 26, 2016, Pages 190-193
Journal: IFAC-PapersOnLine - Volume 49, Issue 26, 2016, Pages 190-193
نویسندگان
Bharath Ananthasubramaniam,