کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
5591651 | 1404988 | 2016 | 8 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Proteins of well-defined structures can be designed without backbone readjustment by a statistical model
ترجمه فارسی عنوان
پروتئین های ساختار به خوبی تعریف شده می تواند بدون تعدیل ستون فقرات توسط یک مدل آماری طراحی شود
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
RMSDHSQCSAINOENMR structure determinationnuclear magnetic resonance - رزونانس مغناطیسی هستهایcpd - CPDvdW - VDWAbacus - آباکوسNMR - تشدید مغناطیسی هستهای nuclear Overhauser enhancement - تقویت Overhauser هسته ایRdc - طبقه همکفcomputational protein design - طراحی پروتئین محاسباتیVan der Waals - وناروالس
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
زیست شناسی مولکولی
چکیده انگلیسی
We report that using mainly a statistical energy model, protein sequence design for designable backbones can be carried out with high confidence without considering backbone relaxation. A recently-developed statistical energy function for backbone-based protein sequence design has been rationally revised to improve its accuracy. As a demonstrative example, this revised model is applied to design a de novo protein for a target backbone for which the previous model had relied on after-design directed evolution to produce a well-folded protein. The actual backbone structure of the newly designed protein agrees excellently with the corresponding target. Besides presenting a new protein design protocol with experimentally verifications on different backbone types, our study implies that with an energy model of an appropriate resolution, proteins of well-defined structures instead of molten globules can be designed without the explicit consideration of backbone variations due to side chain changes, even if the side chain changes correspond to complete sequence redesigns.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Structural Biology - Volume 196, Issue 3, December 2016, Pages 350-357
Journal: Journal of Structural Biology - Volume 196, Issue 3, December 2016, Pages 350-357
نویسندگان
Xiaoqun Zhou, Peng Xiong, Meng Wang, Rongsheng Ma, Jiahai Zhang, Quan Chen, Haiyan Liu,