کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
5760324 | 1623780 | 2017 | 8 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Protein lipograms
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
علوم کشاورزی و بیولوژیک
علوم کشاورزی و بیولوژیک (عمومی)
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
Linguistic analysis of protein sequences is an underexploited technique. Here, we capitalize on the concept of the lipogram to characterize sequences at the proteome levels. A lipogram is a literary composition which omits one or more letters. A protein lipogram likewise omits one or more types of amino acid. In this article, we establish a usable terminology for the decomposition of a sequence collection in terms of the lipogram. Next, we characterize Uniref50 using a lipogram decomposition. At the global level, protein lipograms exhibit power-law properties. A clear correlation with metabolic cost is seen. Finally, we use the lipogram construction to assign proteomes to the four branches of the tree-of-life: archaea, bacteria, eukaryotes and viruses. We conclude from this pilot study that the lipogram demonstrates considerable potential as an additional tool for sequence analysis and proteome classification.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Theoretical Biology - Volume 430, 7 October 2017, Pages 109-116
Journal: Journal of Theoretical Biology - Volume 430, 7 October 2017, Pages 109-116
نویسندگان
Jason Laurie, Amit K. Chattopadhyay, Darren R. Flower,