کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
5906375 | 1159970 | 2013 | 7 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Extracting a few functionally reproducible biomarkers to build robust subnetwork-based classifiers for the diagnosis of cancer
ترجمه فارسی عنوان
استخراج بعضی از بیومارکرهای قابل بازیابی عملکردی برای ساختن طبقه بندی های مبتنی بر زیر شبکه به منظور تشخیص سرطان
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
PODFDRRFEPONSAMPPISignificance analysis of microarray - تجزیه و تحلیل اهمیت میکروارگانیسمDiagnosis - تشخیصProtein–protein interaction - تعامل پروتئین-پروتئینRecursive feature elimination - حذف ویژگی های بازگشتیCancer - سرطانprotein interaction networks - شبکه های متقابل پروتئینSVM - ماشین بردار پشتیبانیSupport vector machine - ماشین بردار پشتیبانیDifferentially expressed - متفاوت بیان شده استgene expression profiling - مشخصات ژن بیانfalse discovery rate - میزان کشف کاذب
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
ژنتیک
چکیده انگلیسی
In microarray-based case-control studies of a disease, people often attempt to identify a few diagnostic or prognostic markers amongst the most significant differentially expressed (DE) genes. However, the reproducibility of DE genes identified in different studies for a disease is typically very low. To tackle the problem, we could evaluate the reproducibility of DE genes across studies and define robust markers for disease diagnosis using disease-associated protein-protein interaction (PPI) subnetwork. Using datasets for four cancer types, we found that the most significant DE genes in cancer exhibit consistent up- or down-regulation in different datasets. For each cancer type, the 5 (or 10) most significant DE genes separately extracted from different datasets tend to be significantly coexpressed and closely connected in the PPI subnetwork, thereby indicating that they are highly reproducible at the PPI level. Consequently, we were able to build robust subnetwork-based classifiers for cancer diagnosis.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Gene - Volume 526, Issue 2, 10 September 2013, Pages 232-238
Journal: Gene - Volume 526, Issue 2, 10 September 2013, Pages 232-238
نویسندگان
Lin Zhang, Shan Li, Chunxiang Hao, Guini Hong, Jinfeng Zou, Yuannv Zhang, Pengfei Li, Zheng Guo,