Protein-peptide docking: opportunities and challenges

پپتیدها اخیرا به عنوان کاندیدای امیدوار کننده دارو مورد توجه زیادی قرار گرفته اند. طراحی منطقی از داروهای مشتق شده از پپتید معمولا نیازمند مشخص ساختن ساختار متقابل پروتئین پپتید است. با توجه به اینکه مشخصه تجربی می تواند دشوار باشد، ابزار محاسباتی قابل اعتماد مورد نیاز است. در سال های اخیر، روش های مختلفی برای "اتصال پروتئین پپتیدی" ایجاد شده است، یعنی پیش بینی ساختار پروتئین پپتید پیچیده، از ساختار پروتئین و توالی پپتید، از جمله اطلاعات متغیر در مورد پپتید سایت اتصال و / یا سازگاری. در این بررسی، ما یک مرور کلی از روش های اتصال پپتیدی پروتئین ارائه می دهیم و قابلیت ها، محدودیت ها و برنامه های کاربردی آنها را در طراحی داروهای ساختاری ارائه می دهیم. چالش های اصلی نیز به طور خلاصه مورد بحث قرار گرفته است، از قبیل مدل سازی تغییرات کانونی در مقیاس بزرگ بر روی اتصال، به ثمر رساندن مدل های پیش بینی شده و درجگیری مطلوب انواع داده های تجربی و پیش بینی های نظری به یک فرایند مدل سازی انتگرال.