Hierarchical clustering based upon contextual alignment of proteins: a different way to approach phylogeny

Nous avons utilisé dans notre étude un nouveau modèle d'alignement des séquences protéiques, le modèle contextuel proposé par Gambin et al. (2002). Il postule que, lors de la construction d'alignements, la substitution d'un résidu par un autre dépend de la nature des résidus adjacents. Plusieurs familles protéiques de la base de données COG ont été examinées selon ce nouveau procédé. Il en résulte une classification hiérarchique des taxa microbiens. Les arbres phylogénétiques ainsi obtenus ont été comparés à ceux dérivés de procédés standards. Nous montrons que le modèle contextuel conduit à des hiérarchies qui sont plus cohérentes entre elles et plus conformes à la phylogénie. La différence, bien que petite, est systématique : le modèle contextuel, sans exception, améliore la cohérence entre les arbres phylogénétiques. Pour citer cet article : A. Gambin, P.P. Slonimski, C. R. Biologies 328 (2005).