کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
9126840 | 1569960 | 2005 | 7 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
TAGmapper: A web-based tool for mapping SAGE tags
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
RT-PCRNrdbEST - استBioinformatics - بیوانفورماتیک Serial analysis of gene expression - تجزیه و تحلیل سریال بیان ژنExpressed Sequence Tag - تکرار اظهار نظرAnnotation - حاشیه نویسیSAGE - حکیمReverse transcriptase-polymerase chain reaction - واکنش زنجیره ای واکنش زنجیره ای واکنش زنجیره ایnon-redundant database - پایگاه داده غیر انحصاری
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
ژنتیک
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
Serial Analysis of Gene Expression (SAGE) is an important means of obtaining quantitative information about expression of genes in different samples. Short SAGE tags are 10 nucleotides long and often contain enough information to uniquely identify the gene(s) corresponding to the tag. We have observed, however, that the currently available resources are not adequate for accurate mapping of all SAGE tags to genes. Here, we describe development of a web-based tool called TAGmapper (http://tagmapper.ibioinformatics.org), which provides a comprehensive and accurate mapping of SAGE tags to genes. We were able to map SAGE tags accurately in several instances where two other popular resources, SAGEmap (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SAGE/) and SAGE Genie (http://cgap.nci.nih.gov/SAGE), provided incorrect or no assignment of tags to genes. Finally, we experimentally determined the expression of a subset of genes assigned by TAGmapper using DNA microarrays and/or quantitative PCR to confirm the reliability of the gene mappings. We anticipate that TAGmapper will be a useful tool in functional genomic approaches by providing accurate identification of genes in SAGE experiments.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Gene - Volume 364, 30 December 2005, Pages 123-129
Journal: Gene - Volume 364, 30 December 2005, Pages 123-129
نویسندگان
P. Bala, Robert W. III, D. Sudhir, M. Suresh, K. Shanker, B.M. Vrushabendra, Curt I. Civin, Akhilesh Pandey,