کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
10212417 | 1672711 | 2019 | 12 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Genome-wide identification and analysis of the evolution and expression patterns of the GATA transcription factors in three species of Gossypium genus
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
FPKMKEGGGSDSmultiple em for motif elicitationMEMEEukaryotic Orthologous GroupsKOGnonsynonymous substitution rateQTLqRT-PCRDPANCBICDD - CSDamino acid - آمینو اسیدExpression pattern - الگوی بیانbase pairs - جفت پایهSra - خانمKyoto Encyclopedia of Genes and Genomes - دایره المعارف ژنتیک ژن ها و ژنوم کیوتوSequence Read Archive - دنباله آرشیو را بخوانیدDays post anthesis - روز بعدgene structure display server - ساختار ژن سرور نمایشquantitative trait locus - علامت کمی صفتPhylogeny - فیلوژنیFragments Per Kilobase of exon per Million fragments mapped - قطعه در هر کیلوباسیون از اگزون در هر میلیون قطعه نقشه برداری شده استNational Center for Biotechnology Information - مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژیsynonymous substitution rate - نرخ جایگزین مترادفGene ontology - هستیشناسی ژنیquantitative real-time PCR - واکنش زنجیره ای پلیمراز واقعی در زمان واقعیconserved domain database - پایگاه داده حوزه حفظ شدهSingle nucleotide polymorphisms - پلیمورفیسم تک نوکلئوتیدیSNP - چندریختی تک-نوکلئوتیدGossypium - گوسیپیم
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
ژنتیک
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
GATA transcription factors (TFs), which bind to DNA in regulatory regions, are involved in cell differentiation and possess a type-IV zinc finger and a DNA-binding domain. GATA genes have been characterized in plant species such as Arabidopsis thaliana, Oryza sativa, and Glycine max, and their functions have been elucidated in A. thaliana. Although many Gossypium quantitative trait loci for fiber quality harbor GATA TFs, GATA genes have not yet been characterized in cotton. In this study, we identified 179 GATA genes from the genomes of three Gossypium species. We analyzed the phylogenetic relationships, chromosomal distribution, gene structure, expression pattern, and predicted promoters of all 179 Gossypium GATA genes (46 in G. raimondii, 46 in G. arboreum, and 87 in G. hirsutum). Phylogenetic analysis grouped the 179 GATA genes into four subfamilies. Domain analysis revealed that GATA domains in subfamilies I, II, and III were located near the C-terminal, whereas those in subfamily IV were adjacent to the N-terminal. RNA-seq and (Real-time PCR) qRT-PCR revealed that 39.1% (34/87) of GATA genes were expressed in growing plant tissues in G. hirsutum, but only 12.6% (11/87) were expressed during fiber development. In addition, 45.7% (21/46) and 26.1% (12/46) of GATA genes were expressed in G. arboreum and G. raimondii, respectively. Our results may be useful for elucidating the evolution, expression patterns, and functional divergence of GATA genes in Gossypium.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Gene - Volume 680, 5 January 2019, Pages 72-83
Journal: Gene - Volume 680, 5 January 2019, Pages 72-83
نویسندگان
Zhen Zhang, Xianyan Zou, Zhen Huang, Senmiao Fan, Ge Qun, Aiying Liu, Juwu Gong, Junwen Li, Wankui Gong, Yuzhen Shi, Liqiang Fan, Zhibin Zhang, Ruixian Liu, Xiao Jiang, Kang Lei, Haihong Shang, Aixia Xu, Youlu Yuan,