کد مقاله کد نشریه سال انتشار مقاله انگلیسی نسخه تمام متن
10351666 864509 2013 9 صفحه PDF دانلود رایگان
عنوان انگلیسی مقاله ISI
An evolutionary approach for searching metabolic pathways
ترجمه فارسی عنوان
یک رویکرد تکاملی برای جستجوی مسیرهای متابولیک
کلمات کلیدی
استراتژی های جستجو، الگوریتمهای تکاملی، مسیرهای متابولیکی،
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه مهندسی کامپیوتر نرم افزارهای علوم کامپیوتر
چکیده انگلیسی
Searching metabolic pathways that relate two compounds is a common task in bioinformatics. This is of particular interest when trying, for example, to discover metabolic relations among compounds clustered with a data mining technique. Search strategies find sequences to relate two or more states (compounds) using an appropriate set of transitions (reactions). Evolutionary algorithms carry out the search guided by a fitness function and explore multiple candidate solutions using stochastic operators. In this work we propose an evolutionary algorithm for searching metabolic pathways between two compounds. The operators and fitness function employed are described and the effect of mutation rate is studied. Performance of this algorithm is compared with two classical search strategies. Source code and dataset are available at http://sourceforge.net/projects/sourcesinc/files/eamp/
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Computers in Biology and Medicine - Volume 43, Issue 11, November 2013, Pages 1704-1712
نویسندگان
, , ,