کد مقاله کد نشریه سال انتشار مقاله انگلیسی نسخه تمام متن
10481646 933203 2013 6 صفحه PDF دانلود رایگان
عنوان انگلیسی مقاله ISI
A novel method for similarity/dissimilarity analysis of protein sequences
ترجمه فارسی عنوان
یک روش جدید برای تجزیه و تحلیل شباهت / ناهماهنگی توالی پروتئین ها
کلمات کلیدی
دنباله پروتئین، شباهت، ماتریس فرکانس فاصله، درخت فیلوژنتیک،
ترجمه چکیده
مقیاس تساوی یکی از مهمترین وظایف در بیوانفورماتیک است که می تواند برای مطالعه حفاظت ساختاری و عملکردی و نیز روابط تکاملی در میان توالی ها استفاده شود. در این مقاله مفهوم فرکانس فاصله ای جفت های اسید آمینه را معرفی می کنیم و ویژگی های عددی جدیدی از توالی های پروتئینی را پیشنهاد می کنیم که هر پیوند پروتئینی را به یک ماتریس فرکانس فاصله تبدیل می کند. با استفاده از این ماتریس فرکانس فاصله، ما می توانیم شباهت توالی پروتئین را مقایسه کنیم. برای تأیید اعتبار روش ما، آن را با دو آزمایش آزمایش می کنیم. نتایج نشان می دهد که روش ما مؤثر است.
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه ریاضیات فیزیک ریاضی
پیش نمایش مقاله
یک روش جدید برای تجزیه و تحلیل شباهت / ناهماهنگی توالی پروتئین ها
چکیده انگلیسی
Sequence comparison is one of the major tasks in bioinformatics, which can be used to study structural and functional conservation, as well as evolutionary relations among the sequences. In this paper, we introduce the concept of distance frequency of amino acid pairs and propose a new numerical characterization of protein sequences, which converts any protein sequence into a distance frequency matrix. Using this distance frequency matrix, we can compare the similarity of protein sequences. In order to confirm the validity of our method, we test it with two experiments. The results show that our method is effective.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Physica A: Statistical Mechanics and its Applications - Volume 392, Issue 24, 15 December 2013, Pages 6361-6366
نویسندگان
, , ,