کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
10796396 | 1053159 | 2016 | 10 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
The good, the bad and the user in soft matter simulations
ترجمه فارسی عنوان
خوب، بد و کاربر در شبیه سازی مواد نرم
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
دینامیک مولکولی، شبیه سازی، مصنوعات، پروتکل های شبیه سازی، غشاء
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
زیست شیمی
چکیده انگلیسی
Molecular dynamics (MD) simulations have become popular in materials science, biochemistry, biophysics and several other fields. Improvements in computational resources, in quality of force field parameters and algorithms have yielded significant improvements in performance and reliability. On the other hand, no method of research is error free. In this review, we discuss a few examples of errors and artifacts due to various sources and discuss how to avoid them. Besides bringing attention to artifacts and proper practices in simulations, we also aim to provide the reader with a starting point to explore these issues further. In particular, we hope that the discussion encourages researchers to check software, parameters, protocols and, most importantly, their own practices in order to minimize the possibility of errors. The focus here is on practical issues. This article is part of a Special Issue entitled: Biosimulations edited by Ilpo Vattulainen and Tomasz Róg.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes - Volume 1858, Issue 10, October 2016, Pages 2529-2538
Journal: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes - Volume 1858, Issue 10, October 2016, Pages 2529-2538
نویسندگان
Jirasak Wong-ekkabut, Mikko Karttunen,