کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
10825816 | 1064676 | 2013 | 6 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Detection of non-coding RNA in bacteria and archaea using the DETR'PROK Galaxy pipeline
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
زیست شیمی
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
RNA-seq experiments are now routinely used for the large scale sequencing of transcripts. In bacteria or archaea, such deep sequencing experiments typically produce 10-50Â million fragments that cover most of the genome, including intergenic regions. In this context, the precise delineation of the non-coding elements is challenging. Non-coding elements include untranslated regions (UTRs) of mRNAs, independent small RNA genes (sRNAs) and transcripts produced from the antisense strand of genes (asRNA). Here we present a computational pipeline (DETR'PROK: detection of ncRNAs in prokaryotes) based on the Galaxy framework that takes as input a mapping of deep sequencing reads and performs successive steps of clustering, comparison with existing annotation and identification of transcribed non-coding fragments classified into putative 5â² UTRs, sRNAs and asRNAs. We provide a step-by-step description of the protocol using real-life example data sets from Vibrio splendidus and Escherichia coli.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Methods - Volume 63, Issue 1, 1 September 2013, Pages 60-65
Journal: Methods - Volume 63, Issue 1, 1 September 2013, Pages 60-65
نویسندگان
Claire Toffano-Nioche, Yufei Luo, Claire Kuchly, Claire Wallon, Delphine Steinbach, Matthias Zytnicki, Annick Jacq, Daniel Gautheret,