| کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
|---|---|---|---|---|
| 2094649 | 1401351 | 2016 | 6 صفحه PDF | دانلود رایگان |
کلید واژه ها
1. مقدمه
2. پایگاه اطلاعاتی نورین
1-2 توصیف و استعلام
1-1-2 جستجوی عمومی
شکل 1. خروجی گرافیکی ارائه شده با جستجوی سودوموناس در قسمت "جستجوی ارگانیسم". (A) نمودار دایره ای بیانگر درصد پپتیدهای غیرریبوزومی تولید شده توسط سودوموناس بر اساس وضعیت، کلاس، ساختار و نوع فعالیت آنها. (B) نمودار میله ای بیانگر توزیع اندازه پپتیدهای تولید شده توسط سودوموناس. برای لیپوپپتیدها، اسید چرب به عنوان یک مونومر در نظر گرفته شده است.
2-1-2 جستجوی ساختار
شکل 2. نتایج جستجوی ساختار. اسکرین شات نتایج بدست آمده با استفاده از پنتاپپتید خطی “Val¬-_Orn_Leu_D-Phe_Pro” به عنوان الگو (به شکل یک نمودار کشیده شده و توسط ویرایش کننده گرافیکی به فرمت NOR تبدیل شده است) برای مقایسه ساختار.
2-2 پایگاه اطلاعاتی نورین برای تامین منابع عمومی در دسترس قرار دارد
3. مورد استفاده
1-3 شناسایی CLPهای جدید تولید شده توسط سودوموناس CMR12a
شکل 3. مقایسه ساختاری سسلین و CLP2 تولید شده توسط سودوموناس CMR12a با تولاسین و اورفامید. مونومرها به صورت تراز در آمده اند و خط کامل نشانگر حلقوی شدن در بخشش پپتیدی است. تغییرات اسیدهای امینه در پپتید به صورت درشت و محصور شده نشان داده شده اند، تغییرات کوچک در درون بخش آکریل در دایره ای نقطه نقطه نشان داده شده است.
2-3 گراتیسین الگوی مشابه با گرامیسیدین S نشان می دهد
شکل 4. مقایسه ساختار در سط مونومری. (A) گراتسین، (B) گرامیسیدن S. بالا: نمایش مونومری ارائه شده با استفاده از ابزار smiles2monomers (s2m). وسط: مونومرهای تشکیل دهنده پپتیدها که توسط s2m شناسایی شده است. پایین: نمای شماتیک از واحدهای تکراری پپنتاپپتید و تفاوت بین دو مولکول.
3-3 سپاسیاچلین: از وضعیت احتمالی به وضعیت قطعی
4. نتیجه گیری
Since its first release in 2008, Norine remains the unique resource completely devoted to nonribosomal peptides (NRPs). They are very attractive microbial secondary metabolites, displaying a remarkable diversity of structure and functions. Norine (http://bioinfo.lifl.fr/NRP) includes a database now containing more than 1160 annotated peptides and user-friendly interfaces enabling the querying of the database, through the annotations or the structure of the peptides. Dedicated tools are associated for structural comparison of the compounds and prediction of their biological activities. In this paper, we start by describing the knowledgebase and the dedicated tools. We then present some user cases to show how useful Norine is for the discovery of novel nonribosomal peptides.
Journal: Synthetic and Systems Biotechnology - Volume 1, Issue 2, June 2016, Pages 89–94