Molecular characterization of Avian strains of Pasteurella multocida serogroup-A:1 based on amplification of repetitive regions by PCR

Repetitive extragenic palindromic (REP)-PCR (polymerase chain reaction), enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC)-PCR, and single primer PCR assays were employed to characterize 66 strains of Pasteurella multocida serogroup A:1 isolated from avian species belonging to different regions of India. REP-PCR resulted in amplification of REP sequences from the genome which were in the range of ∼200 to ∼3000 bp and accounted for a total of 54 distinguishing profiles (D=0.99). ERIC-PCR analysis also generated amplified products in the range of ∼200 to ∼3200 bp categorizing strains into a total of 50 different profiles (D=0.98). Amplification of repetitive regions using a microsatellite primer (GTG)5, resulted in clear distinctive bands ranging from ∼200 to ∼2400 bp. Strains were assigned to 43 profiles (D=0.96). No correlation could be drawn between genotypic profiles and avian hosts with their geographical area of origin. Avian strains of P. multocida serogroup A:1 were found to be highly heterogeneous with diverse profiles. REP-PCR was found to be highly discriminatory and simple method for differentiation of phenotypically similar strains. The present study also indicated that PCR based amplification of repetitive regions of P. multocida is a rapid technique with good discrimination and could be employed directly for routine typing of field isolates from fowl cholera outbreaks.

RésuméLes méthodes PCR: repetitive extragenic palindromic (REP)-PCR, enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC)-PCR, et les PCR simples ont été utilisées pour caractériser 66 souches de Pasteurella multocida serogroup A:1 isolées à partir d'espèces d'oiseaux de différentes régions de l'Inde. La (REP)-PCR a eu pour résultat le développement de séquences de REP du génome dans la gamme de ∼200 à ∼3000 bp et a permis de distinguer cinquante quatre profils différents. La méthode (ERIC)-PCR a permis d'amplifier des produits dans la gamme de ∼200 à ∼3200 bp caractérisant cinquante profils différents. L'amplification de régions répétitives utilisant un microsatellite primaire (GTG)5, a permis de distinguer des bandes entre ∼200 à ∼2400 bp. Les 66 souches ont été classées dans 43 profils. Il n'a pas pu être établi de corrélation entre les profils génotypiques et les secteurs géographiques dans lesquels ont été prélevées les souches. Les souches aviaires de P. multocida serogroup A:1 ont montré des profils hétérogènes divers. La méthode REP-PCR s'est montrée comme étant la plus discriminatoire et la plus simple pour la différenciation de phénotypique. Cette étude a indiqué que la PCR basée sur une amplification des régions répétitives de P. multocida est une méthode rapide permettant une bonne discrimination et pourrait être utilisée directement pour le typage de routine d'enzooties de Pasteurellose aviaire.