New perspectives in hemiascomycetous yeast taxonomy

DNA sequencing has revolutionized yeast taxonomy. Although initially rDNA sequences proved to be universal and convenient for assigning phylogenetic relationships, it was eventually supplanted by multigene analysis, which provided more discriminating and robust results. This led to a new classification of the major yeast clades, which is still used as a reference today. More recently, the availability of a large number of complete genome sequences has given a new perspective on the molecular taxonomy of yeasts by providing a high number of genes to compare. It also highlighted an unexpected aspect of yeast genome evolution: the existence of interspecific hybrids outside of the industrial Saccharomyces clade. Together with the loss of heterozygosity in interspecific hybrids and a reduced sexuality leading to clonal propagation, this observation obliges us to reexamine the present concept of species. In parallel, the ongoing challenge is to find a universal molecular marker, to improve fast authentication and, if possible, phylogeny of yeasts. The future of yeast taxonomy will involve the sequencing of more genomes, thorough analysis of populations to obtain a good representation of the biodiversity and integration of these data into dedicated databases.

RésuméLe séquençage de l’ADN a complètement bouleversé notre vision de la taxinomie des espèces. Alors que les séquences d’ADN ribosomiques ont fait preuve de leur universalité et se montrent appropriées à cette tâche, il est rapidement apparu que les analyses multigéniques sont plus discriminantes et fournissent des arbres plus robustes. Cela a conduit à une nouvelle classification des principaux clades de levures, qui est toujours d’actualité aujourd’hui. Plus récemment, la disponibilité d’un nombre croissant de génomes complets a apporté une nouvelle perspective à la taxinomie moléculaire, en fournissant un grand nombre de gènes à comparer. Cela a également mis au jour un aspect inattendu de l’évolution des génomes de levure : l’existence d’hybrides inter-espèces, en dehors du clade du cas bien connu des Saccharomyces industrielles. Combinées à la perte d’hétérozygotie et à une sexualité réduite conduisant à une propagation clonale, ces observations nous obligent à réexaminer la définition actuelle des espèces. En parallèle, le challenge actuel est toujours de trouver un marqueur moléculaire universel, afin d’améliorer la rapidité de l’identification, si possible, la phylogénie des levures. Le futur de la taxinomie des levures passera par le séquençage de génomes supplémentaires, en incluant une analyse minutieuse des populations afin d’obtenir une bonne représentation de la diversité, et enfin d’intégrer ces données dans des bases de données dédiées.