European genetic variants associated with type 2 diabetes in North African Arabs

AimsRecent genome-wide association studies (GWAS) and previous approaches have identified many genetic variants associated with type 2 diabetes (T2D) in populations of European descent, but their contribution in Arab populations from North Africa is unknown. Our study aimed to validate these markers and to assess their combined effects, using large case-control studies of Moroccan and Tunisian individuals.MethodsOverall, 44 polymorphisms, located at 37 validated European loci, were first analyzed in 1055 normoglycaemic controls and 1193 T2D cases from Morocco. Associations and trends were then assessed in 942 normoglycaemic controls and 1446 T2D cases from Tunisia. Finally, their ability to discriminate cases from controls was evaluated.ResultsCarrying a genetic variant in BCL11A, ADAMTS9, IGF2BP2, WFS1, CDKAL1, TP53INP1, CDKN2A/B, TCF7L2, KCNQ1, HNF1A, FTO, MC4R and GCK increased the risk of T2D when assessing the Moroccan and Tunisian samples together. Each additional risk allele increased the susceptibility for developing the disease by 12% (P = 9.0 × 10−9). Genotype information for 13 polymorphisms slightly improved the classification of North Africans with and without T2D, as assessed by clinical parameters, with an increase in the area under the receiver operating characteristic curve from 0.64 to 0.67 (P = 0.004).ConclusionIn addition to TCF7L2, 12 additional loci were found to be shared between Europeans and North African Arabs. As for Europeans, the reliability of genetic testing based on these markers to determine the risk for T2D is low. More genome-wide studies, including next-generation sequencing, in North African populations are needed to identify the genetic variants responsible for ethnic disparities in T2D susceptibility.

RésuméObjectifsLes récentes études d’association sur le génome entier et les approches précédentes ont permis d’identifier de nombreux polymorphismes associés au diabète de type 2 (DT2) dans des populations d’origine européenne mais leur contribution dans des populations nord-africaines reste inconnue. Notre but était donc de valider ces marqueurs et d’évaluer leurs effets combinés en utilisant des larges études cas–témoin chez des individus marocains et tunisiens.MéthodesEn tout, 44 polymorphismes validés chez les européens ont d’abord été analysés chez 1055 témoins normoglycémiques s et 1193 diabétiques marocains (cas). Les variations génétiques les plus fréquemment associées au DT2 ont ensuite été évaluées chez 942 témoins normoglycémiques et 1446 cas diabétiques tunisiens. Enfin, nous avons examiné leur capacité à prédire les individus atteints ou non par la maladie.RésultatsÊtre porteur de polymorphismes dans les gènes BCL11A, ADAMTS9, IGF2BP2, WFS1, CDKAL1, TP53INP1, CDKN2A/B, TCF7L2, KCNQ1, HNF1A, FTO, MC4R et GCK augmentait la susceptibilité de développer un DT2 quand les tunisiens et les marocains étaient analysés ensemble. En moyenne, chacun de ces allèles augmentait le risque de maladie de 12 % (P = 9,0 × 10−9). Chez les individus nord-africains, l’information génétique de 13 polymorphismes n’améliorait que très légèrement la classification entre cas et témoins établie à partir des paramètres cliniques, avec une aire sous la courbe ROC passant de 0,64 à 0,67 (P = 0,004).ConclusionEn plus de TCF7L2, nous avons pu montrer que 13 polymorphismes génétiques associés au DT2 chez les européens étaient aussi des facteurs de risque chez les nord-africains. Comme pour les européens, l’efficacité d’un test génétique fondé sur ces marqueurs pour déterminer le risque de DT2 est faible. Des études sur le génome entier incluant les nouvelles technologies de séquençage dans les populations nord-africaines restent nécessaires pour identifier des variations génétiques qui expliquent les différences de risque de DT2 entre les différents groupes ethniques.