Contribution of common variants of ENPP1, IGF2BP2, KCNJ11, MLXIPL, PPARγ, SLC30A8 and TCF7L2 to the risk of type 2 diabetes in Lebanese and Tunisian Arabs

BackgroundWhile several type 2 diabetes mellitus (T2DM) susceptibility loci identified through genome-wide association studies (GWAS) have been replicated in many populations, their association in Arabs has not been reported. For this reason, the present study looked at the contribution of ENNP1 (rs1044498), IGF2BP2 (rs1470579), KCNJ11 (rs5219), MLXIPL (rs7800944), PPARγ (rs1801282), SLC30A8 (rs13266634) and TCF7L2 (rs7903146) SNPs to the risk of T2DM in Lebanese and Tunisian Arabs.MethodsStudy subjects (case/controls) were Lebanese (751/918) and Tunisians (1470/838). Genotyping was carried out by the allelic discrimination method.ResultsIn Lebanese and Tunisians, neither ENNP1 nor MLXIPL was associated with T2DM, whereas TCF7L2 was significantly associated with an increased risk of T2DM in both the Lebanese [P < 0.001; OR (95% CI): 1.38 (1.20–1.59)] and Tunisians [P < 0.001; OR (95% CI): 1.36 (1.18–1.56)]. Differential associations of IGF2BP2, KCNJ11, PPARγ and SLC30A8 with T2DM were noted in the two populations. IGF2BP2 [P = 1.3 × 10−5; OR (95% CI): 1.66 (1.42–1.94)] and PPARγ [P = 0.005; OR (95% CI): 1.41 (1.10–1.80)] were associated with T2DM in the Lebanese, but not Tunisians, while KCNJ11 [P = 8.0 × 10−4; OR (95% CI): 1.27 (1.09–1.47)] and SLC30A8 [P = 1.6 × 10−5; OR (95% CI): 1.37 (1.15–1.62)] were associated with T2DM in the Tunisians, but not Lebanese, after adjusting for gender and body mass index.ConclusionT2DM susceptibility loci SNPs identified through GWAS showed differential associations with T2DM in two Arab populations, thus further confirming the ethnic contributions of these variants to T2DM susceptibility.

RésuméButBien que plusieurs loci de susceptibilité au diabète de type 2 (DT2), identifiés par des études d’associations pangénomiques (GWAS), soient répliqués dans de nombreuses populations, leur association au DT2 dans les populations arabes n’a été pas signalée. Notre objectif était de tester la contribution des SNPs à risque au DT2, rs1044498 (ENNP1), rs1470579 (IGF2BP2), rs5219 (KCNJ11), rs7800944 (MLXIPL), rs1801282 (PPARγ), rs13266634 (SLC30A8), et rs7903146 (TCF7L2) dans deux populations arabes, libanaise et tunisienne.MéthodesNotre étude (cas/témoin) regroupe des sujets libanais (751/918) et tunisiens (1470/838). Le génotypage a été effectué par la méthode de discrimination allélique.RésultatsDans la population libanaise et tunisienne, ni ENNP1, ni MLXIPL n’étaient associés au DT2, contrairement à TCF7L2 qui était significativement associé à un risque accru au DT2 aussi bien dans la population libanaise [P < 0,001 ; OR (IC 95 %), 1,38 (1,20-1,59)] que tunisienne [P < 0,001 ; OR (IC 95 %), 1,36 (1,18–1,56)]. Des différences d’associations des SNPs des gènes IGF2BP2, KCNJ11, PPARγ, et SLC30A8 au DT2 étaient détectées dans les deux populations. Les SNPs des gènes IGF2BP2 [P = 1,3 × 10−5 ; OR (IC 95 %), 1,66 (1,42–1,94)] et PPARγ [P = 0,005 ; OR (IC 95 %), 1,41 (1,10–1,80)] n’étaient associées au DT2 que chez les sujets libanais. À l’inverse, les SNPs des gènes KCNJ11 [P = 8,0 × 10−4 ; OR (IC 95 %), 1,27 (1,09–1,47)] et SLC30A8 [P = 1,6 × 10−5 ; OR (IC 95 %), 1,37 (1,15–1,62)] n’étaient associés au DT2 que chez les sujets tunisiens, après ajustement selon le sexe et l’indice de masse corporelle.ConclusionLes SNP des loci de susceptibilité au DT2, identifiés par GWAS, sont associés de manière différente dans les deux populations arabes étudiées, ce qui confirme ainsi la contribution de ces variations ethniques dans la susceptibilité au DT2.