Evaluation of molecular detection of extrapulmonary tuberculosis and resistance to rifampicin with GeneXpert® MTB/RIF

ObjectiveWe aimed to evaluate the GeneXpert® MTB/RIF test for the diagnosis of extrapulmonary tuberculosis. The test simultaneously detects Mycobacterium tuberculosis complex and resistance to rifampicin.MethodsWe analyzed 153 clinical samples collected in a tertiary hospital in Sfax, Tunisia, between 2013 and 2014. We performed the GeneXpert® test, a Ziehl-Neelsen and auramine-rhodamine staining, conventional culture on MGIT 960 and LJ media, and we tested the resistance to anti-tuberculosis drugs on MGIT 960 and LJ media for each sample. Diagnosis was based on clinical, radiological, microbiological, pathological, and therapeutic data.ResultsWe considered that 59 patients out of 153 presented with tuberculosis. PCR was positive in 50 samples and all of these samples were susceptible to rifampicin. Sensitivity, specificity, positive predictive value, and negative predictive value of the GeneXpert® test were 84.7%, 96.8%, 94.3%, and 91%, respectively, compared with diagnosis. We observed a statistically significant difference between the direct test and the GeneXpert® test, and between culture and the GeneXpert® test. No statistically significant difference was observed between pathological results and the GeneXpert® test. Sensitivity of the GeneXpert® test was 87.5% in biopsies, 80% in pus and abscesses, and 66.7% in biological fluids. All strains were susceptible to rifampicin with culture and GeneXpert® test.ConclusionThe GeneXpert® test helped detect a higher proportion of M. tuberculosis complex. It does not replace conventional diagnostic methods but it is a useful addition to achieve better sensitivity and obtain rapid results.

RésuméObjectifÉvaluation du GeneXpert® MTB/RIF pour le diagnostic de la tuberculose extra-pulmonaire : détection du complexe Mycobacterium tuberculosis et de la résistance à la rifampicine.MéthodesNous avons analysé 153 échantillons cliniques recueillis entre 2013 et 2014 au laboratoire d’hygiène de Sfax, Tunisie. Pour chaque échantillon, un test GeneXpert®, une coloration de Ziehl-Neelsen et une coloration à l’auramine, une culture sur milieux MGIT 960 et Löwenstein-Jensen (LJ) et une étude de la sensibilité aux antituberculeux sur milieux MGIT 960 et LJ ont été effectués. Le diagnostic a été établi au vu des données cliniques, radiologiques, microbiologiques, anatomopathologiques et thérapeutiques.RésultatsNous avons considéré que 59 patients sur 153 étaient atteints de tuberculose (TB). La PCR était positive pour 50 échantillons et ces derniers étaient tous sensibles à la rifampicine. La sensibilité, la spécificité, la valeur prédictive positive et la valeur prédictive négative du GeneXpert® étaient respectivement de 84,7 %, 96,8 %, 94,3 % et 91 % par rapport au diagnostic. La différence entre l’examen direct et le GeneXpert® était statistiquement significative. Il en allait de même pour la culture et le GeneXpert®. Aucune différence significative n’a été observée entre l’anatomopathologie et le GeneXpert®. La sensibilité du GeneXpert® était de 87,5 % pour les biopsies, 80 % pour les pus et abcès et 66,7 % pour les liquides biologiques. Toutes les souches étaient sensibles à la rifampicine en utilisant la culture et le GeneXpert®.ConclusionL’utilisation du GeneXpert® augmente la sensibilité de détection du complexe M. tuberculosis. Il ne remplace pas les méthodes classiques de diagnostic mais les complète afin d’obtenir une meilleure sensibilité et des résultats plus rapides.