Épidémiologie microbienne des infections respiratoires basses actualités

RésuméLa littérature récente n'apporte guère de grandes nouveautés, exposant les résultats d'enquêtes parcellaires utiles, mais qui s'insèrent dans les fourchettes de prévalence déjà connues pour les différentes bactéries. La fréquence des germes retrouvés varie dans le temps et l'espace, mais les trois germes les plus fréquemment en cause dans toutes les séries se recrutent, quel que soit le lieu, parmi les cinq agents que sont Streptococcus pneumoniae, Influenza A, Mycoplasma pneumoniae, Haemophilus influenzae et Legionella pneumophila. Ainsi, parmi les pneumopathies documentées, plus de 90 % sont dues à : S. pneumoniae, le plus fréquent chez les malades hospitalisés ; Mycoplasma, Chlamydia et les virus respiratoires, prédominant en ville, avec des variations selon le lieu et l'époque ; Staphylococcus aureus et entérobactéries qui peuvent également être en cause chez le vieillard et les patients atteints de tares majeures ; des associations de germes, avec le pneumocoque notamment, qui sont de plus en plus fréquemment identifiées. Enfin, l'agent causal reste méconnu dans 25 à 50 % des cas. On voit récemment notifier des pneumonies aiguës communautaires à staphylocoques résistants à la méticilline. Le diagnostic virologique (et celui des bactéries liées aux cellules) progresse, grâce à la PCR. Il reste de nombreuses incertitudes sur l'intérêt de ce diagnostic en dehors d'études épidémiologiques, mais aussi sur sa pertinence en pratique clinique. Rien de nouveau pour l'épidémiologie des bronchites aiguës ; pour les exacerbations de bronchopneumopathie chronique obstructive (BPCO), le rôle de H. influenzae, colonisant ou infectant, dans la genèse de l'inflammation bronchique fait toujours l'objet de débats.

The recent literature brings nothing new since it provides only fragmented, though undoubtedly useful, studies which remain within the prevalence interval for the different bacterias. The occurrence of germs varies with time and space; nevertheless, whatever the studied series and the site of the studies, the 3 most frequent causal germs belong to the following five strains: Streptococcus pneumoniae, Influenza A, Mycoplasma pneumoniae, Haemophilus influenzae, and Legionella pneumophila. Thus, 90% of all documented pneumoniae appear to be caused by the following pathogens: Pneumococcus; most frequent in hospitalized patients; Mycoplasma, Chlamydia and respiratory viruses were predominant in outpatients, with great variations; Staphylococcus and enterobacteriace may be encountered, mostly in elderlies with major debilitating diseases; association of germs, generally including pneumococcus, are increasingly identified. Last, in 25% to 50% of cases, the causal agent is not known. Recently, some Staphylococcus meticillin-resistant were identified. The diagnosis of viruses (as well as that of atypical bacterias) seems to have improved, thanks to the use of PCR though the interest of such a diagnosis remains questionable, except for epidemiological studies, as well as the relevance of this type of test in clinical practice. Nothing really new has come out on the epidemiology of acute bronchitis, while in bacterial exacerbation of COPD, attention focused on the colonizing or infective role of H. influenzae in the genesis of bronchus inflammation.