Evaluation of a simplified IS6110 PCR for the rapid diagnosis of Mycobacterium tuberculosis in an area with high tuberculosis incidence

PurposeTo assess the diagnostic yield of a simplified IS6110-PCR in an area with high tuberculosis incidence.MethodsPulmonary (218) and extrapulmonary (121) samples were collected from 236 patients including smearpositive leprosy patients. All samples were processed to detect acidfast bacilli by microscopy, culture on solid media and PCR. To remove PCR inhibitors, three washing steps of the decontaminated pellet were included before mycobacterial cell lysis by heat treatment. No detergents, enzymes, or chelating agents were used. From the 339 samples, 34 were selected basing on their large volume and were tested by the commercial kit GenoType Mycobacteria Direct (GTMD) (VER 4, Hain Lifescience, Germany) in addition to the tests cited above.ResultsThe overall sensitivity and specificity of PCR were 93.8 and 98.6% for pulmonary samples, 63.6 and 100% for extrapulmonary samples, respectively. The assay detected MTC in 94.2% of smear positive samples with a positive predictive value of 100%. No inhibition was found among seven samples that were PCR negative but bacteriological confirmed as containing Mycobacterium tuberculosis. No false positive result occurred with samples from leprosy patients. The sensitivities for PCR and GTMD were 81.8 and 75%, respectively.ConclusionPCR could efficiently complement conventional bacteriological tools for the rapid diagnosis of tuberculosis but cannot replace them.

RésuméBut de l’étudeÉvaluer l’apport diagnostique d’une variété simplifiée de PCR IS6110 en région géographique d’incidence élevée de tuberculose.Patients et méthodesDes prélèvements pulmonaires (218) et extrapulmonaires (121) ont été collectés à partir de 236 patients dont deux lépreux à frottis positifs. Les prélèvements ont été analysés par microscopie, par culture sur des milieux solides et par PCR. Afin d’éliminer les éventuels inhibiteurs d’amplifications, une série de trois lavages du culot de décontamination a été réalisée avant lyse cellulaire. Aucun détergent, enzyme ou agent chélateur n’a été utilisé durant le traitement de l’échantillon. À partir des 339 échantillons, 34 ont été sélectionnés en se basant sur leur large volume pour être aussi testés par le kit commercial GenoType Mycobacteria Direct (GTMD) (VER 4, Hain Lifescience, Germany).RésultatsLa sensibilité et la spécificité de la PCR a été respectivement, de 93,8 et 98,6 % au niveau des prélèvements pulmonaires et 63,6 et 100 % au niveau des prélèvements extrapulmonaire. Mycobacteriumtuberculosis a été détecté par PCR dans 94,2 % des prélèvements à frottis positifs avec une valeur prédictive positive de 100 %. Aucune inhibition n’a été détectée dans sept échantillons négatifs par PCR mais confirmés positifs par culture. Aucun résultat PCR faussement positif n’a été signalé en testant les échantillons provenant des malades lépreux. La sensibilité de la PCR en comparaison avec le kit GTMD a été de 81,8 et 75 %, respectivement.ConclusionLa PCR pourrait être un test complémentaire efficace des techniques conventionnelles de diagnostic de la tuberculose sans pouvoir les remplacer.