Diversité génétique des Erythrovirus humains

RésuméLe Parvovirus B19 (B19V) a longtemps représenté le seul Erythrovirus humain connu et la diversité génétique au sein de cette espèce était considérée comme faible, avec moins de 2 % de divergences nucléotidiques. Cette notion s’est trouvée remise en question par la mise en évidence d’un variant (souche V9) génétiquement distinct du Parvovirus B19. Cette souche V9 présente plus de 13 % de divergences nucléotidiques vis-à-vis des B19V. Par ailleurs, l’analyse d’une séquence partielle des souches de type V9, comparée à celle des souches disponibles dans les banques de données, montre une organisation des Erythrovirus humains en trois génotypes distincts et l’analyse des séquences des génomes complets évoque une séparation ancienne de ces trois génotypes. Le génotype 3, plus ancien que les deux autres, aurait une origine africaine. Malgré une variabilité accrue, les domaines fonctionnels des protéines majeures sont bien conservés, confirmant leur rôle essentiel dans le cycle viral. La fréquence des trois génotypes varie selon les études. Le génotype 1 est majoritaire, à l’exception du Ghana où toutes les souches isolées étaient de génotype 3. Une étude prospective réalisée en France entre 1999 et 2001 indiquait une fréquence de 10 % pour les génotypes 2 et 3. À ce jour, il n’a pas été montré de pouvoir pathogène spécifique d’un génotype.

B19 Parvovirus (B19V) has been considered for a long period of time as the unique human virus belonging to the genus Erythrovirus. The genetic diversity of B19V isolates has been shown to be very low (< 2% nucleotide divergence). The isolation of a variant (V9 strain), with a sequence markedly distinct from that of B19V (> 13% nucleotide divergence) led to specify the classification of this virus family. Phylogenetic analysis of partial sequences of V9-related isolates combined with Erythrovirus sequences in sequences banks indicates an organization into three well-individualized genotypes. Analysis of the nearly full-length genome sequences show an ancient separation between the three genotypes lineages. Genotype 3 (the most ancient lineage) could have originated in Africa. The functional regions of major proteins are conserved in the three genotypes. The frequency of these genotypes is various according to studies. Genotype 1 is predominant, except in Ghana where all the described isolates were genotype 3. A prospective French study performed between 1999 and 2001 indicated that genotypes 2 and 3 viruses circulated with a significant frequency (10%). Pathogenic properties might not differ according to the genotype.