Comparaison de la culture cellulaire et de la RT–PCR pour la détection des entérovirus dans les eaux usées et les coquillages en Tunisie

RésuméLes virus entériques présents dans l'environnement sont un danger pour la santé publique, notamment les entérovirus qui sont excrétés dans les selles et peuvent contaminer les eaux usées ainsi que les coquillages. La capacité des entérovirus à se multiplier en culture cellulaire et le développement de techniques de biologie moléculaire appliquées à leur diagnostic rendent ces virus utilisables comme indicateurs de la contamination virale des milieux aquatiques. L'objectif de notre étude a été de développer une technique moléculaire de RT–PCR rapide et sensible permettant de déceler l'ARN des entérovirus dans les eaux usées et les coquillages. Parmi les échantillons d'eaux usées (n = 26) et de coquillages (n = 56), 50,0 et 42,8 % d'entre eux, respectivement, se sont révélés positifs par RT–PCR, alors que seulement 38,4 et 28,5 % étaient positifs par culture (p = 0,077 par le test χ2). Sur l'ensemble des 82 échantillons, les deux techniques ont montré une concordance de 57,3 %, alors que 23 échantillons (28,0 %) n'étaient positifs que par RT–PCR et que 12 autres (14,6 %) n'étaient positifs que par culture. Ces discordances démontrent que les deux techniques ne sont pas équivalentes : la PCR permet de récupérer des souches non cultivables mais reste sensible à la présence d'inhibiteurs dont sont riches les prélèvements environnementaux.

Enteric viruses contaminating the environment represent a danger for public health notably enteroviruses that are excreted in stools and can contaminate wastewater and shellfish. The ability of enteroviruses to grow in cell culture and the development of techniques of molecular biology applied to their detection make these viruses a good marker of viral pollution of aquatic environment. The aim of our study was to develop a rapid and sensitive RT-PCR technique, able to detect enterovirus RNA in wastewater and shellfish. From 26 samples of wastewater and 56 samples of shellfish, 50.0 and 42.8% were found positive by RT–PCR, respectively, whereas 38.4 and 28.5% were positive by culture, respectively (P = 0.077 by chi square test). The two techniques were found concordant in 57.3% of the 82 combined samples, whereas 23 samples (28.0%) were positive only by RT–PCR and that 12 samples (14.6%) were positive only by culture. These discrepancies illustrate the fact that the two techniques are not equivalent: the molecular technique allows the detection of not cultivable samples but is sensitive to PCR inhibitors that are present in large amounts in environmental samples.