The duodenal microbiota composition in children with active coeliac disease is influenced by the degree of enteropathy

ObjectivesTo establish whether the duodenal mucosa microbiota of children with active coelic disease (CD) and healthy controls (HC) differ in composition and biodiversity.Material and methodsSamples of duodenal biopsies in 11 CD patients were obtained at diagnosis, and in 6 HC who were investigated for functional intestinal disorders of non-CD origin. Total duodenal microbiota and that belonging to the genus Lactobacillus using PCR-denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) were analyzed. The banding patterns obtained in the resulting gels were analyzed to determine the differences between the microbiota of CD patients and HC (FPQuest 4.5) while environmental indexes (richness, diversity and habitability) were calculated with the past version 2.17 program.ResultsThe intestinal microbiota of patients with Marsh 3c lesion showed similarity of 98% and differs from other CD patients with other type of histologic lesion as Marsh 3a, Marsh 3b and Marsh 2. The main differences were obtained in ecological indexes belonging to the genus Lactobacillus, with significant richness, diversity and habitability reduction in CD patients. In CD bands were categorized primarily with Streptococcus, Bacteroides and Escherichia coli species. In HC the predominant bands were Bifidobacterium, Lactobacillus and Acinetobacter, though the Streptococcus and Bacteroides were lower.ConclusionsThe celiac patients with major histological affectation presented a similar microbiota duodenal. The ecological indexes applied to the genus Lactobacillus were significantly reduced in CD.

ResumenObjetivoComprobar diferencias en la microbiota duodenal al diagnóstico de la EC en relación con grupo control.Material y MétodosSe obtuvieron muestras de biopsias duodenales en 11 pacientes con EC al diagnostico y en 6 controles. Se analizó la microbiota duodenal total así como la perteneciente al género Lactobacillus mediante la técnica molecular PCR-Electroforesis en gel con gradiente desnaturalizante (DGGE). Los patrones de bandas obtenidos en los geles resultantes fueron analizados para determinar las diferencias presentes entre la microbiota de pacientes con EC y controles (FPQuest 4.5) mientras que los índices ecológicos (riqueza, diversidad y habitabilidad) fueron calculados con el programa Past versión 2.17.ResultadosLa microbiota intestinal de los individuos con histología Marsh 3c presentó similitud del 98% y fue diferente del resto de pacientes celiacos. Las principales diferencias se obtuvieron en los índices ecológicos pertenecientes al género Lactobacillus, con importante reducción de especies en los celiacos respecto al grupo control (riqueza, diversidad y habitabilidad). En los pacientes con EC las bandas principalmente fueron catalogadas con las especies Streptococcus, Bacteroides y E. coli. En los controles las bandas predominantes fueron Bifidobacterium, Acinetobacter y Lactobacillus, sin embargo los Streptococcus y Bacteroides fueron más bajos.ConclusionesLos índices ecológicos aplicados al género Lactobacillus fueron significativamente reducidos en los pacientes celíacos. Los casos con mayor afectación histológica presentaron una microbiota duodenal similar.