کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
5002919 | 1368459 | 2016 | 6 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
A Constrained NMF Approach to Analyze Quantitative Metagenomic Data*
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه
سایر رشته های مهندسی
مکانیک محاسباتی
پیش نمایش صفحه اول مقاله
![عکس صفحه اول مقاله: A Constrained NMF Approach to Analyze Quantitative Metagenomic Data* A Constrained NMF Approach to Analyze Quantitative Metagenomic Data*](/preview/png/5002919.png)
چکیده انگلیسی
In this paper, we propose a new method for inferring the metabolic potential of microbial ecosystems based on gene frequencies generated from shotgun metagenomic data. Our approach is based on Non-Negative Matrix Factorization with constraints accounting for prior biological knowledge of bacterial metabolism. The problem is solved using efficient accelerated projected gradient methods. The approach is illustrated on a toy model and on real data on fiber metabolism by the gut microbiota in humans. We show how this approach leads to the inference of biologically relevant gene clusters.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: IFAC-PapersOnLine - Volume 49, Issue 26, 2016, Pages 71-76
Journal: IFAC-PapersOnLine - Volume 49, Issue 26, 2016, Pages 71-76
نویسندگان
Sébastien Raguideau, Béatrice Laroche, Marion Leclerc, Sandra Plancade,