کد مقاله کد نشریه سال انتشار مقاله انگلیسی نسخه تمام متن
5002939 1368459 2016 7 صفحه PDF دانلود رایگان
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Efficient Computation of All Distinct Realization Structures of Kinetic Systems
ترجمه فارسی عنوان
محاسبه کارآیی تمام ساختارهای واضح ساختاری سیستم های جنبشی
کلمات کلیدی
ترجمه چکیده
عدم انطباق ساختاری شبکه های واکنش شیمیایی (زیستی) که یک دینامیک سینتیکی داده شده است، برای مدت طولانی شناخته شده است، اما اغلب در عمل نادیده گرفته می شود. با این وجود، بدون اطلاعات پیشین مناسب، این پدیده به طور جدی مانع شناسایی موفقیت آمیز مدل های بیوشیمیایی می شود. به تازگی یک الگوریتم با پیچیدگی زمان چند جمله ای تضمین شده بین تکرارها برای محاسبه تمام ساختارهای گراف واضح واکنش مربوط به یک پویایی داده شده است. این مقاله یک نسخه بهبود یافته از این الگوریتم را ارائه می دهد که مناسب برای استفاده از محیط چند پردازنده است. سازه های محاسبه شده در یک صف کار جمع آوری می شوند و دو پردازنده سرور کار عملی مجموعه کارگران را هماهنگ می کنند. پیاده سازی به طور خلاصه شرح داده شده و عملکرد رویکرد در نمونه های محاسباتی که از ادبیات گرفته شده است، نشان داده شده است.
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه سایر رشته های مهندسی مکانیک محاسباتی
چکیده انگلیسی
Structural non-uniqueness of (bio) chemical reaction networks realizing a given kinetic dynamics has been known for a long time, but it is often overlooked in practice. However, without appropriate prior information, this phenomenon seriously hinders the successful identification of biochemical models. Recently an algorithm with guaranteed polynomial time complexity between iterations has been developed to compute all distinct reaction graph structures corresponding to a given dynamics. This paper presents an improved version of this algorithm that is suitable to take the advantage of a multiprocessor environment. The computed structures are collected in a task queue, and two server processes coordinate the operation of the set of workers. The implementation is briefly described and the performance of the approach is illustrated on computational examples taken from the literature.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: IFAC-PapersOnLine - Volume 49, Issue 26, 2016, Pages 194-200
نویسندگان
, , , ,