Collective variables for the study of long-time kinetics from molecular trajectories: theory and methods

متغیرهای جمعی یک مفهوم مهم برای مطالعه سیستم های دینامیکی با ابعاد بزرگ مانند دینامیک مولکولی ماکرومولکول ها، مایعات ها یا پلیمرها هستند، به ویژه برای تعیین حالت های متاستاز متناظر و انتقال حالت یا انتقال فاز. در دهه گذشته، یک نظریه ریاضی دقیق برای تعریف متغیرهای جمع کننده بهینه برای توصیف فرآیندهای دینامیکی آشکار فرموله شده است. در اینجا ما از پیشرفت های اخیر، از جمله یک اصل تنوع برای پیدا کردن تقریب مطلوب برای کاهش متغیرهای جمعی از داده های شبیه سازی، و الگوریتم های مانند تجزیه و تحلیل مستقل مولفه های زمان باقی مانده است. با استفاده از این مفاهیم، ​​ماتریس فاصله می تواند تعریف شود که اندازه گیری چگونگی ترکیبات آلفا مولکولی را به هم متصل می کند. برنامه های افزودنی و سوالات باز بحث می شوند.