کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
5913746 | 1162701 | 2015 | 8 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Computer-aided design of aptamers for cytochrome p450
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
RMSDSELEXCYP51NMAAptamer - آپتامرهاroot-mean-square deviation - انحراف معیار میانگین ریشهBioinformatics - بیوانفورماتیک Normal mode analysis - تجزیه و تحلیل حالت معمولیsystematic evolution of ligands by exponential enrichment - تکامل سیستماتیک لیگاند ها با غنی سازی نمایشیSASA - در حال حاضرMolecular dynamics - دینامیک ملکولی یا پویایی مولکولیParticle mesh Ewald - ذره مشکی EwaldPME - شرکتهای کوچک و متوسطRational design - طراحی منطقیVascular endothelial growth factor - فاکتور رشد اندوتلیال عروقیVascular Endothelial Growth Factor (VEGF) - فاکتور رشد اندوتلیال عروقی (VEGF)Molecular docking - پیوندهای بین مولکولی
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری
بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی
زیست شناسی مولکولی
پیش نمایش صفحه اول مقاله
چکیده انگلیسی
Aptamers are short single-stranded DNA or RNA oligonucleotides that can bind to their targets with high affinity and specificity. Usually, they are experimentally selected using the SELEX method. Here, we describe an approach toward the in silico selection of aptamers for proteins. This approach involves three steps: finding a potential binding site, designing the recognition and structural parts of the aptamers and evaluating the experimental affinity. Using this approach, a set of 15-mer aptamers for cytochrome P450 51A1 was designed using docking and molecular dynamics simulation. An experimental evaluation of the synthesized aptamers using SPR biosensor showed that these aptamers interact with cytochrome P450 51A1 with Kd values in the range of 10â6-10â7Â M.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Journal of Structural Biology - Volume 191, Issue 2, August 2015, Pages 112-119
Journal: Journal of Structural Biology - Volume 191, Issue 2, August 2015, Pages 112-119
نویسندگان
Dmitrii S. Shcherbinin, Oksana V. Gnedenko, Svetlana A. Khmeleva, Sergey A. Usanov, Andrei A. Gilep, Aliaksei V. Yantsevich, Tatsiana V. Shkel, Ivan V. Yushkevich, Sergey P. Radko, Alexis S. Ivanov, Alexander V. Veselovsky, Alexander I. Archakov,