Formulation, construction and analysis of kinetic models of metabolism: A review of modelling frameworks

مدل های جنبشی برای پیش بینی رفتار پویا شبکه های متابولیسم حیاتی هستند. مدل های سینتیکی مکانیکی برای شبکه های بزرگ با توجه به مشکل تنظیم پارامترهای آنها، غیرممکن است. سیستم های مدل سازی اخیر قول روش های جدیدی برای غلبه بر این مانع در حالی که قابلیت های پیش بینی شده را حفظ می کنند. در این بررسی، ما یک مرور کلی از چارچوب ریاضی مربوطه برای فرمول بندی، ساخت و تحلیل جنبشی ارائه می کنیم. در ادامه با فرمالیستهای جنبشی، روشهای آماری برای استنتاج پارامترها و همچنین چارچوب محاسباتی اخیر مورد استفاده برای ساخت و تحلیل مدلهای جنبشی را بررسی خواهیم کرد. در نهایت، ما درباره فرصت ها و محدودیت هایی که مانع گسترش مجدد سینتکس های بزرگ می شوند صحبت می کنیم.