کد مقاله | کد نشریه | سال انتشار | مقاله انگلیسی | نسخه تمام متن |
---|---|---|---|---|
7374742 | 1480063 | 2018 | 9 صفحه PDF | دانلود رایگان |
عنوان انگلیسی مقاله ISI
A novel graphical representation and similarity analysis of protein sequences based on physicochemical properties
ترجمه فارسی عنوان
تجزیه و تحلیل گرافیکی جدید و تجزیه و تحلیل شباهت پروتئین بر اساس خواص فیزیکوشیمیایی
دانلود مقاله + سفارش ترجمه
دانلود مقاله ISI انگلیسی
رایگان برای ایرانیان
کلمات کلیدی
دنباله پروتئین، نمایش گرافیکی، تجزیه و تحلیل مولفه اصلی، دارایی فیزیکوشیمیایی، ضریب همبستگی پنجره حرکتی،
موضوعات مرتبط
مهندسی و علوم پایه
ریاضیات
فیزیک ریاضی
چکیده انگلیسی
One of popular topic in bioinformatics is protein sequence analysis. The graphical representation of protein sequence is a simple and common way to visualize protein sequences. In this study, a numerical descriptive vector for a given protein sequence is calculated based on twelve physicochemical properties of amino acids (AAs) and principal component analysis (PCA). Each entry of the descriptive vector corresponds to one AA in the sequence. By this vector, an intuitive spectrum-like graphical representation of protein sequence is proposed. Squared correlation coefficient as well as moving window correlation coefficient, as a new similarity/dissimilarity measure, were used to compare different sequences. Applicability of the proposed method is assessed by analyzing the nine ND5 proteins. The results revealed the utility of the proposed method.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Physica A: Statistical Mechanics and its Applications - Volume 510, 15 November 2018, Pages 477-485
Journal: Physica A: Statistical Mechanics and its Applications - Volume 510, 15 November 2018, Pages 477-485
نویسندگان
Mehri Mahmoodi-Reihani, Fatemeh Abbasitabar, Vahid Zare-Shahabadi,