The importance of using realistic evolutionary models for retrodicting proteomes

بازسازی درخت فیلوژنتیکی از داده های مولکولی، نیاز به انتخاب مدل های تکامل مولکولی دارد که به طور مناسب روند تغییرات شناخته شده را توصیف می کند. به طور عملی، این مدل ها تغییرات مولکولی را در طول شاخه های درخت بهینه سازی می کند. فرآیندهای اساسی باید واقع بینانه باشند و باید با مفروضات بیولوژیک پشتیبانی شوند. در یک مقاله اخیر، یک مدل جدید از تکامل پروتئوم که جنبش رشد جهان پروتئین را تشکیل می دهد، یک فیزیولوژیستی به نام "گرد و غبار" را ایجاد می کند و یک اجداد بسیار پیچیده از زندگی متنوع را شناسایی می کند. در اینجا ما نشان می دهیم که این مدل به طور فیزیولوژیکی خود سازگار نیست و با دانش پیشین قابل توجهی از جمله ویژگی مقیاس آزاد شبکه های دامنه، قوانین پوسته پوسته شدن ژنتیکی و اصل تداوم است که از اصول تجزیه و تحلیل ایدئولوگ و تفکر تکاملی پشتیبانی می کند. در حالی که محدودیت های فنی و مفهومی نتیجه های اصلی مطالعه را نامناسب می دانند، از جمله وجود محدودیت هایی در تکامل پروتئین ناشی از کاتاکلیم های سیاره ای، از مثال استفاده می کنیم تا پیچیدگی ها و خطاهای احتمالی مجدد را در تحلیل های فیلوژنتیک و فیلوژنومیک برجسته کنیم و چارچوب اکتشاف ایدئولوگ که در تحقیق علمی مورد استفاده قرار می گیرد.