کد مقاله کد نشریه سال انتشار مقاله انگلیسی نسخه تمام متن
8319483 1539332 2018 10 صفحه PDF دانلود رایگان
عنوان انگلیسی مقاله ISI
Protein structure-based drug design: from docking to molecular dynamics
ترجمه فارسی عنوان
طراحی دارو مبتنی بر ساختار پروتئین: از اتصال به پویایی مولکولی
ترجمه چکیده
سال های اخیر شاهد تحولات سریع روش های طراحی دارو با استفاده از کامپیوتر بوده است که به دقت رسیدگی می کند که به برنامه های معمول روزمره آنها در مبارزات کشف مواد مخدر کمک می کند. روش های مبتنی بر ساختار پروتئین برای پیش بینی حالت های اتصال مولکول های کوچک و وابستگی نسبی آنها مفید است. پیوند بالا با توانایی تا 106 مولکول کوچک و به ثمر رساندن بر اساس میدان نیروی ضعیفی-حلال میتواند به طور جدی واسنجی میکرومولار را با استفاده از یک هدف پروتئینی سفت و محکم شناسایی کند. دینامیک مولکولی با حلال صریح تکنیک کم توان برای مشخص کردن سایت های اتصال انعطاف پذیر و ارزیابی دقیق مسیرهای اتصال، سینتیک و ترمودینامیک است. در این بررسی ما پیشرفت های اخیر در برنامه های کاربردی لخت شدن ابزار و شبیه سازی دینامیک مولکولی به شناسایی و بهینه سازی لیگاند را برجسته می کنیم.
موضوعات مرتبط
علوم زیستی و بیوفناوری بیوشیمی، ژنتیک و زیست شناسی مولکولی زیست شیمی
پیش نمایش مقاله
طراحی دارو مبتنی بر ساختار پروتئین: از اتصال به پویایی مولکولی
چکیده انگلیسی
Recent years have witnessed rapid developments of computer-aided drug design methods, which have reached accuracy that allows their routine practical applications in drug discovery campaigns. Protein structure-based methods are useful for the prediction of binding modes of small molecules and their relative affinity. The high-throughput docking of up to 106 small molecules followed by scoring based on implicit-solvent force field can robustly identify micromolar binders using a rigid protein target. Molecular dynamics with explicit solvent is a low-throughput technique for the characterization of flexible binding sites and accurate evaluation of binding pathways, kinetics, and thermodynamics. In this review we highlight recent advancements in applications of ligand docking tools and molecular dynamics simulations to ligand identification and optimization.
ناشر
Database: Elsevier - ScienceDirect (ساینس دایرکت)
Journal: Current Opinion in Structural Biology - Volume 48, February 2018, Pages 93-102
نویسندگان
, ,