Computational protein design for given backbone: recent progresses in general method-related aspects

برای رسیدن به موفقیت بالا در طراحی پروتئین نیاز به یک روش طراحی توالی قابل اعتماد برای پیدا کردن توالی های اسید آمینه است که به طور ثابت به ساختار مورد نظر ستون فقرات تبدیل می شود. این مسئله با طراحی پروتئین محاسباتی از طریق رویکرد به حداقل رساندن انرژی انجام می شود. در اینجا ما پیشرفت های اخیر روش مربوط به بهبود دقت این روش را بررسی می کنیم. اول، کیفیت مدل انرژی یک عامل کلیدی است. دوم، با کارکرد ساختاری حساس به انرژی، آیا و چگونه انعطاف پذیری ستون فقرات در نظر گرفته می شود می تواند اثرات بزرگی بر دقت طراحی داشته باشد، اگر چه معمولا تنها تنظیمات کوچک از ساختار ستون فقرات درگیر است. سوم، دقت موثر نتایج طراحی را می توان با پردازش پس از پردازش تعداد کمی از دنباله های طراحی شده با مدل های تکمیلی که ممکن است به اندازه کافی برای بهینه سازی توالی کامل کارآمد نیست. در نهایت، توسعه روش محاسباتی به شدت از رویکردهای تجربی کارآمد بهره می برد که می تواند برای دریافت بازخورد گسترده استفاده شود.